慈门寺，即清华阁十二景中的“慈门杰阁”，为朱家角著名古刹，位于放生桥畔、漕港河边，初建于元代至正年间，原名“明远庵”。明嘉靖中毁于兵祸，隆庆五年，行脚僧“湛印”募款重修大雄宝殿，民间称为新殿。据传正殿如来佛的一对眼睛看上去像活的一样，夜里还会发光，是用“猫儿眼”宝石镶嵌，如来佛座垫下有一暗室，直通淀山通灵泉。大殿朱檐石柱、内塑十八罗汉，二十诸天于壁，凡所应有，无不毕具，寺遂成为大刹。
明万历三十九年，敕赐寺名为“护国明远慈门寺”，并赐乌斯藏大士一尊，经二十部，为此寺内特地建造观音阁和藏经阁，以珍藏这二件御赐的镇寺之宝。由此慈门寺名声大振，香火旺盛。明崇帧元年（１６２８年）殿左建一座钟楼，楼高六丈二尺（２０米），钟重二千五百斤，撞之声闻二十余里。每当风晨月夕，钟声隆隆，震于太空，鸣鸣遥闻，闻者肃然而醒，惶然以思，止恶而兴善，于警世之教，亦深有裨益。
几经战乱，慈门寺逐渐衰落，民国期间，寺被改为医院，四十年代末仅存大殿、钟楼等建筑。五十年代初在原寺址建成县人民医院，现为朱家角人民医院住院部，旧址上仅存雌雄古银杏各一株，依然挺拔苍翠。