1944年2月，在敦煌莫高窟设立了保管、研究机构--国立敦煌艺术研究所，员工仅十余人，常书鸿任所长，下设考古、总务两个组，开始了敦煌石窟的清理、调查、保护、临摹等工作。1950年改名为敦煌文物研究所，常书鸿继任所长，人员有较大发展，下设保护、美术、考古、资料、办公室等组室，确立了”保护、研究、弘扬”的六字方针，实施了石窟大规模的维修保护，开展了石窟资料的全面调查、石窟艺术、考古、佛教内容的研究，出版了一些研究成果。1984年，经甘肃省委、省政府批准，敦煌文物研究所扩建为敦煌研究院，段文杰任院长，常书鸿任名誉院长，吴坚为首席顾问。1998年4月始，樊锦诗任院长，党委副书记为孟繁新,段文杰为名誉院长，吴坚为首席顾问，副院长为马正乾、刘会林、李最雄，下设党委办公室、行政办公室、保卫处、保护研究所、美术研究所、考古研究所、文献研究所、敦煌石窟文物保护研究陈列中心、敦煌资料中心、编辑部、摄影录像部、接待部、学术委员会。目前全院职工248人， 其中研究馆员8人、副研究馆员16人、馆员51人。这一时期，实施整体、综合、科学保护，增加了敦煌文献的研究，拓宽了敦煌石窟研究领域，不仅继续深入研究佛教内容和艺术，而且研究了石窟时代、历史，及壁画中社会文化与艺术的各种专题。此外，还建立了博物馆（即陈列中心）；敦煌石窟开始对外开放，与国内外进行广泛的学术交流；创办了学术刊物《敦煌研究》；刊布了一大批研究成果。敦煌研究院是集保护、研究多种业务的综合性研究机构。
由于在文化遗产保护事业的改革与发展中作出了突出贡献，2007年5月24日，敦煌研究院被国家人事部和国家文物局授予全国文物系统先进集体的光荣称号。
敦煌研究院是敦煌学研究的科研单位，也是保护敦煌石窟（莫高窟、榆林窟、西千佛洞）和其它文物的文博单位；是爱国主义教育基地，也是旅游接待单位。
敦煌研究院的前身是成立于1944年的敦煌艺术研究所，新中国建立后于1950年成立敦煌文物研究所。1984年，在敦煌文物研究所的基础上扩建为敦煌研究院。敦煌研究院由院党委、院务委员会、院学术委员会分别主管院内的党务、院务、科研工作。院党委下设党委办公室，院部下设行政办公室、人事处、保卫处。学术委员会兼办科研处的工作。专业部门有石窟保护研究所、美术研究所、考古研究所、文献研究所、石窟文物保护陈列中心、信息资料中心、编辑部、摄录部、接待部等。另外，在兰州设有分院。
敦煌研究院从上世纪40年代的敦煌艺术研究所创业始，经过几代人艰辛的工作，在敦煌石窟的保护和研究，敦煌艺术和敦煌文献研究、敦煌文化弘扬等方面都有辉煌的业绩。特别是八十年代以后，遵循"保护、研究、弘扬"的工作方针开创了新局面，各方面的成就令世人瞩目。
