依据《中华民国宪法》第53条规定：“行政院为国家最高行政机关。”，因此行政院是中华民国的最高行政机关，并依《中华民国宪法增修条文》第3条第2项之规定对立法院负责。
行政院虽依宪法规定是中华民国的最高行政机关，然其定义并不完全等同于“中华民国政府”。除广义的五院说法外，就狭义而言，1949年之后，迁徙至台湾的行政院亦称为‘中华民国政府’。惟经过1992年－2004年数度修宪后，‘中华民国’总统权力增加，使得“中华民国政府”也可为行政院（内政、财经等）与总统府（部分之国防、外交）两机关之统称。
沿革1928年国民革命军完成北伐，东北军事首领张学良宣布支持南京政府后，国民政府于同年10月3日通过《中华民国国民政府组织法》，并依此法设置行政院为全国最高行政机关。同年10月8日，国民政府通过任谭延闿为首任行政院院长。当时的行政院设有内政、外交、军政、财政、农矿、工商、教育、交通、铁道、卫生等10部。10月25日，行政院院长及十部部长宣誓就职，行政院正式办公。
《中华民国宪法》于1947年元旦公布施行后，定行政院为国家最高行政机关；同年3月31日，《行政院组织法》公布，经过六次修正，成为现在“八部二会”的组织架构。
组织架构行政院本部下设院长一人、副院长一人、秘书长一人、不管部会之政务委员5至7人。由于行政院管辖中央政府各行政部门，故名义上等同为中华民国的内阁。
行政院所属各中央政府部门，共有八部、二会、二局、一处、三署、二十一委员会，由行政院直辖的中央银行与国立故宫博物院亦纳入中央政府部门编组。其中，中央银行、行政院金融监督管理委员会、中央选举委员会、行政院公平交易委员会、行政院飞航安全委员会、国家通讯传播委员会等6个机关为“独立机关”；除行政院金融监督管理委员会外，各独立机关首长皆采取任期制，不随内阁改组而有所变动。但实际上，仅有国家通讯传播委员会符合《中央行政机关组织基准法》中对于独立机关的标准，其他独立机关仍受行政院的督导与指挥。
地位和性质从陈马两任总统对内阁的操作来看，台湾的行政院制度不同于议会制内阁制，即内阁不对议会负责，而直接对总统负责。由于总统和国会均是民选，两者之间互不隶属，这和美国的总统制类似，内阁当然也就不需要对国会负责。但是如果总统亲政的话，将会承担政治责任的风险，所以总统制下责任内阁的出现就成为了一种历史的选择。总统制下的责任内阁制，既维持了“三权分立”的大格局，又让总统能够超脱政治责任之外，一旦总统出现执政危机，他完全可以通过更换内阁的方式转移矛盾焦点，而不需要自己下台。即使总统的政治危机已经到了非常严重的时候，他仍然可以通过宣布“权力下放”的方式来保住自己的地位。总统制下的内阁制，是台湾“五权宪法”理论在实践中产生的新政治体制，它的优点在于，将选举和治理区分开来。传统认为选举制度和文官制度不可调和，通过选举上台的官员往往只知道政治斗争和选举，对治国则往往力不能及；而传统的文官制度则不能代表民意，虽然行政效率较高，但容易滋生腐败。总统制下的内阁制很好的解决了这个问题，总统专心政治，而内阁则专心行政，总统通过选举产生，然后由总统任擅长于行政管理的文官来执掌内阁，做到选举和治理的最完美结合，以刘、吴两届内阁为例，阁员中不少是精心培养的学者，还有不少博士。
总统制下的责任内阁制，是西方“三权分立”学说和中国传统政治传统相结合的结果，中国古代皇帝并非都有治国的才能，往往将大权授予以宰相为代表的政府来管理国家行政事务（明代为内阁，清代为内阁和军机处）。总统制的缺点在于总统权力太大，人民往往无法控制政府，如袁世凯时期，容易导致独裁；内阁制的缺点是，中央没有权威，地方各自为政，政权更替频繁，不利于国家和社会的稳定。总统制下的内阁制，将总统制和内阁制的优点结合来，取两者之长处，舍两者之不足，是一种比较科学的政治体制。
以往的内阁一般都作为总统施政无能的的替罪羊，如阿扁在位八年间，就换了六届内阁。内阁承担责任的惯例始于2008年民进党在国会大选中失利，时任阁揆张俊雄向总统请辞未获批准。2009年9月，为对八八水灾救灾不力负责，刘兆玄内阁请辞获准，正式建立了内阁承担政治责任的先例。
当然，这种新的政治体制，是否能够适应新时期的社会发展要求，则需要历史的进一步检验了。
院长行政院的第一任院长是谭延闿，中央政府迁台时的院长是阎锡山，迁台后首位被新任命的院长是陈诚，现任院长为(2009/09/10)吴敦义。
中国民主社会党籍知名学者张君劢在1947年起草宪法时，设计偏向内阁制，行政院院长由总统提名，经立法院同意后任命。总统政令以行政院院长副署为条件，近似内阁总理。由于国共内战爆发，国民党政府实行动员戡乱，宪法增设临时条款赋予总统大权；中华民国政府播迁台湾后，蒋中正长期担任总统，并以带有军事专政性质的《动员戡乱时期临时条款》作为统治根基，导致宪法原始设计无法施行；仅有在蒋经国担任院长时，政府体制一度形同内阁制。‘中华民国’在台湾实行总统直选前后数次进行修宪，并增订《宪法增修条文》后，行政院院长副署权被取消，行政院院长之任命亦改为不需经由立法院同意。台湾学界认为现制的行政院院长近似“偏向总统制的双首长制”，部分人士则认为行政院院长近似总统之幕僚长。
由于宪法并没有明定副总统不应兼任行政院院长，因此在戒严时代，副总统陈诚、严家淦曾兼任行政院院长。在1996年间连战则以行政院院长身份当选副总统，并续任院长，引来宪政争议。司法院大法官于《释字第419号解释》中，认二者职务性质虽非显不相容，但仍不宜兼任，此争议最后因连战请辞而划下句点。
马英九上台后，主张不干预宪法独立机关的工作，恢复了监察院的运作。同时，他宣布上台后主要是退居二线研究宪政，同时成立府院党五人组会议，作为最高决策机构，行政院作为最高行政机关的地位得到恢复，只有在行政院已出现无法处理的危机时，马英九才出面来协调解决。
行政院职权得到加强的原因，源于苏贞昌任阁揆的时候，阿扁因为国民党占据了国会多数，且自身弊案缠身，不得不宣布「权力下放」，苏贞昌的实际权力已经超过了历任阁揆，已经有实力进行一系列的改革。其上台后，提出了一系列改革措施，包括改善两岸关系，被称为「苏修主义」。但改革因为受到阿扁和民进党的扼杀而胎死腹中。但是，内阁权力从此得到了加强。其后的看守内阁阁揆张俊雄，在任间无什么作为，但是为大陆川震承诺了巨额捐赠，对改善两岸关系起着重大的贡献。
刘兆玄上任后，因为有马英九的支持，所以可以放开手脚施展自己的才华，把内阁权力扩大到了最高点，这也是内阁制度的最新发展。反对党曾多次要求刘揆下台，但都在马英九的保护下得以留任，这也是马英九对内阁制度的捍卫。
2009年9月因马政权应对莫拉克台风造成的八八水灾严重反应迟钝，社会舆论压力巨大，马英九被迫弃车保帅，批准刘兆玄请辞，另任命吴敦义为院长，由其组阁。
