生物化学研究所于民国五十九年二月一日成立筹备处，六十年三月成立设所咨询委员会，并推举李卓皓院士为主任委员，同年十二月一日李院士自美返国主持首次会议，对设所事宜获两项具体结论：(1)研究范围：研究具有生物活性的蛋白质，此为本所的长程目标；(2)将所址设于国立台湾大学，俾与台湾大学生化科学研究所在教学及基础研究方面能彼此协助，相得益彰。并于民国六十二年二月与台湾大学生化科学研究所签订合作研究生化科学合约。
本所位于台大校总区研究大楼于民国六十二年三月中旬开工兴建，六十六年四月底完工启用。自民国六十六年七月一日生物化学研究所正式成所。
本所自成立以来，参与研究的人员包括博士后研究员及研究生等逐年均有增加，研究的主题也由早期的蛋白质化学扩展至生物有机化学、蛋白质工程、发育生物学及分子细胞生物学诸领域。目前本所成员，包含研究人员、行政技术人员及学生已超过250人。
1996年本所于南港院区建立新馆，部分人员迁回南港院区，也成立了细胞醣类生物学研究室，以研究醣蛋白及醣脂质之结构、功能及生合成。为维系与台大生化科学研究所之合作关系及支持该所研究教学，仍保留台大馆，并有部分人员保留原有实验室。在未来的数年内，本所拟将研究领域扩展至分子免疫学、疫苗生物学和受器—受器结合物之交互作用。这些中长程研究的首要目标即在于将先进、尖端的科学领域引进本所。自2000年起开拓崭新的研究课题，在新任所长王惠钧及陈长谦副院长之领导配合下，展开结构生物学 (Structural Biology) 与功能性基因体学 (Functional Genomics) 的探讨，对 21 世纪的生命科学领域的发展，将有重大的突破及影响。
2001年重点计划分为五大研究领域：
(1) 生殖及受体生化研究
(2) 蛋白质和生物有机化学
(3) 醣生物学
(4) 基因调控学
(5) 结构生物学及分子生物物理探讨
本所在新任所长之结构生物学专长下，将统合前四项的研究领域，利用Ｘ—光晶体及核磁共振解析并利用同步辐射中心提供的光源束来做本所研究人员历年来所得各类蛋白质分子的结构—功能探讨，冀望利用这些最具前瞻性的结构探讨工具，进行本院目前正在推动的「功能基因体学」研究 (Functional Genomics)，成为公元二千年人类基因体译码完成后，后基因体时代 (Post-Genomic Era) 的生命科学探讨主流。
组织架构
本所现有编制内研究人员35人，连同通信、合聘及兼任研究人员共计46人，其中特聘研究员2人、专任研究员4人、副研究员8人、助研究员5人、助理研究员2人、研究助理15人、助理1人、合聘研究员4人、合聘副研究员1人、兼任研究员1人、兼任副研究员1人、通信研究员4人，并有行政、技术及技工工友计12人支持本所行政及技术工作。
历任所长
职 称
姓 名
任 期
筹备处主任
苏仲卿
59年2月1日—61年2月28日
筹备处主任
罗铜壁
61年3月1日—66年6月30日
所长
罗铜壁
66年7月1日—69年6月30日
所长
王光灿
69年7月1日—75年6月30日
代所长
张文章
75年7月1日—79年8月9日
所长
张文章
79年8月10日—82年7月31日
代所长
苏仲卿
82年8月1日—84年8月31日
所长
刘德勇
84年9月1日—88年5月31日
代所长
陈义雄
88年6月1日—89年6月30日
所长
王惠钧
89年7月1日—今
研究设施
本所具备有各种先进、精良仪器，诸如高速及超高速离心机、蛋白质定序仪、核磁共振仪、萤光仪、质谱仪、恒温滴定测焓仪、流通式生物分子感测系统、毛细管电泳仪、流速细胞分析仪、核酸遗传分析系统、全自动高效多功蛋白纯化工作站、放射性胶片扫描仪、
本所具备有各种先进、精良仪器，诸如高速及超高速离心机、蛋白质定序仪、核磁共振仪、萤光仪、质谱仪、恒温滴定测焓仪、
流通式生物分子感测系统、毛细管电泳仪、流速细胞分析仪、核酸遗传分析系统、全自动高效多功蛋白纯化工作站、放射性胶片扫描仪、
本所具备有各种先进、精良仪器，诸如高速及超高速离心机、蛋白质定序仪、 核磁共振仪、萤光仪、质谱仪、恒温滴定测焓仪、 流通式生物分子感测系统、毛细管电泳仪、流速细胞分析仪、核酸遗传分析系统、全自动高效多功蛋白纯化工作站、放射性胶片扫描仪。
