接天寺建于日据昭和十二年 ( 一九三七 ) 四月六日 ，属临济宗妙心寺派。原新化街一带临济宗信徒日益增多，却没有一所可供参拜之寺院甚感不便，昭和十年六月九日周圆法师及信徒七十余人，决定创建道场，必礼请日僧东海宜诚前来指导，事情进行十分顺利，在官有土地那拔林九三二番地上申请建寺，昭和十二年四月六日获总督府许可，随即着手兴建，昭和十四年二月竣工。
开山周圆法师，俗名李瑞兴，台南北门人氏，生于清光绪二十三年 ( 一八九七？ ) ，十七岁时于台南开元寺出家，二十四岁时再台南竹溪寺教授经学，二十八岁时受乡理北门郡佳里、西港两学堂嘱托，昭和元年 ( 一九二五 ) 与乡里有志之士募集资金三万元以上，于学甲创立万成堂；昭和七年受曾文郡下营庄长招聘，任茅港观音亭住持，同年七月十日再任下营北极殿的布教传道主任，昭和十年六月九日创立玉峰山接天寺，民国三十五年九月六日圆寂。
周圆法师圆寂之后山寺荒废，其间历经五个住持，但均无法久住，民国四十年十月十七日再聘请证如法师前来住持。证如法师又号丰妙，下营乡人氏，生于一九一三年，七岁出家于台南竹溪寺，礼眼净和尚为师，曾住锡赤山龙湖岩、台南开元寺、观音山凌云禅寺，日本高等学院肄业。证如法师接任住持后以八年的时间整顿寺务，包括重修房舍、收回寺产，民国六十四年重修大殿，一年功成退隐。
民国六十五年七月议决聘请台南县佛教支会理事长心静和尚前来继任住持。
接天寺的所在地，再周圆法师时期称「玉峰山」，原旧寺塔有忏语牌写道：「地结珠梅龟蛇迎，玉峰耸起接天成」，因此才有「玉峰山接天寺」之名。接天寺原本寺前有一天然湖，今已不复见，寺产在证如法师甫住持时有 七甲 余田。
目前接天寺的所在地已改为「莲花山」，周圆法师当时所创建的大殿及厢房，经过重新整建之后，原貌已失，惟大殿原供奉的华严三圣仍保留完整。这里在加筑围墙之后成为「周圆净土宗佛学院」虽然成立于一九九四年，但由于并未公开对外招生，目前的学僧乃以接天寺的常住为对象。
圆接天寺的大殿改为佛学院之后，另外又在民国壬辰年 ( 一九八八 ) 落成启用了新的大雄宝殿，大殿匾即为住持释清净所立。大殿内供奉西方三圣，左右分别是寮房及知客室，而大殿的下层并设有「台南县佛教护僧协会」。
接天寺腹地广大，附近的小山坡上广植各种绿色树木，俨然是公园花园，园内并有佛、菩萨、罗汉等石雕造型，这是法光法师晋山之后所完成的。法光法师是在民国八十三年元月正式接任住持的。
