结束日美首脑会谈之后，福田首相出席了有识之士恳谈会。他用事先准备好的讲话稿做了这样的开场白：“如今的日美关系处于历史最好状态。”然而，在谈到此次会谈的具体内容时，他的调子却出现了180度的大转变：“无论是伊拉克、阿富汗还是北朝鲜问题，在哪个领域都是问题成堆。”也许是因为与布什总统的会谈已经结束，首相认为在这个场合没有必要再为日美同盟唱赞歌了，所以才说出了这番话。
的确，不仅是美国要把北朝鲜从支援恐怖主义国家的名单中删除的问题，包括自卫队继续为美军提供后方补给问题在内，修改日方为驻日美军提供经费问题、牛肉贸易问题等等，如今日美两国之间的难题可以说堆积如山。
尤其令人担心的是，这些问题很可能产生下述负面的连锁反应：在北朝鲜问题上如果美国方面最终未能充分考虑日方的要求，那么就有可能导致日本舆论(对美国)日益强硬；而这又将带来旨在为美军供油的“特措法”问题，以及修改驻日美军经费问题难以顺利解决；这种局面又将反过来加剧美国对日本的不信任心理。 日本驻美大使加藤良三在日前的一次讲话中称，日美关系的现状是他“自2001年赴任以来最困难的时期”。在美国的日本问题专家中，也有人认为日美关系“也许进入了动荡时期”。其中最主要的原因，恐怕是两国现政权的实力都在下降，都因选举而使执政党丧失了对议会的主导权。从美国方面来看，其主要精力几乎都消耗在伊拉克问题上了，而且一些知日派人物相继离开了布什政权。
最根本的问题恐怕是，日美同盟未能适应“9·11事件”之后骤然变化了的国际安保环境。由于同盟的着力点是本土防卫，以及应对朝鲜半岛及台湾海峡战争，故而不适应新的安保形势。这就需要对冷战后的“安全保障观念”进行重新定义。 然而，日益弱化的政权是无法完成这项工作的。首脑会谈的首项议题本应是进行战略磋商，然而此次会谈却是以“进一步强化日美关系”这篇表面文章而宣告结束的。从中不难看出日美同盟将再次进入“动荡期”的迹象。
另据《日本经济新闻》11月18日报道，在福田首相与布什总统进行的首次会谈中，尽管双方就“加深日美同盟的基石”这一目标达成共识，但是诸多悬而未决的问题却被搁置，留待日后解决。 福田首相在会谈结束后的记者招待会上强调，日美两国都希望继续与国际社会就反恐战争进行合作。海上自卫队在印度洋上继续执行燃油补给行动事实上是日本对美国的一个承诺。但是由于在野党控制了参议院的主导权，新法案能否最终在国会获得通过还不得而知。 为防止疯牛病传入本国，日本对进口美国牛肉作出了限制。此次会谈中，布什总统希望日本能够撤销进口限令，实施“完全开放”。但首相并没有作出什么承诺，对于已经等得不耐烦的美国，首相的态度依然冷淡。牛肉问题很可能扩大为更加深刻的贸易摩擦。
美国政府的一位前高官曾经强调“日美间最重要的问题并非燃油补给行动，而是接纳美国驻军的问题”。无论是过去还是将来，驻日美军都肩负着维持日美同盟的重要使命。 在首脑会谈后举行的宴会上，美国国防部长盖茨也谈到了驻日美军驻留经费的问题。而在本月8日，他刚刚在日本与首相和防卫大臣石破茂进行了会谈。在相隔数日的两次会面中，盖茨都强调了美国不能接受经费被削减的强硬姿态。日本也想避免与美国在预算问题上激化矛盾，但是同样面临严峻财政形势的日本，日子也不好过。
