目前，果树的育种方法有引种、选种和杂交育种等，现分述如下：
选种就是利用果树的基因突变，选择生产上需要的新品种。它包括实生选种和芽变选种。
果树采用种子繁殖的称为实生繁殖。对实生繁殖的群体所产生的自然变异和选择，从中选出优良的品种和类型，简称实生选种。与无性系选种相比，实生选种具有变异普遍，变异性状多，而且变异幅度大等特点，在选育新品种上有着很大的潜力。在我国南方不少地区的柑桔、荔枝、龙眼、枇杷、芒果、梅、栗等历史上保留下来的实生树相当普遍，有的果树如番木瓜、西番莲、椰子、油梨等至今仍采用实生繁殖，这给实生选种提供了广泛而宝贵的原始材料。
群众性实生选种都是采用株选法，首先根据树种及本地区中要解决的问题来拟定选种项目。如雪柑、 柑、红桔除产量、品质方面的基本要求外，应侧重于少核或无核；北缘地区则侧重抗寒性。实生选种采取群众性的报种和专业人员评选相结合的方式。对于实生优株的评选通常需经过 3 年的预选、初选和复选过程作出评价，筛选出其中性状最为优异而稳定的单株。及时嫁接或用其他无性繁殖育苗，作为选种圃和多点生产的实验树。
芽变选种是果树育种中常用的方法之一。芽变是体细胞突变的一种，即突变发生在芽的分生组织细胞中，芽萌发长成枝条，在性状上表现出与原来类型不同。芽变包括由突变的芽发育而成的枝条和繁殖而成的单株变异，如华盛顿脐橙就是由芽变产生的优良品种。芽变选种主要是从原有优良品种中进一步选择更优良的变异。要求在保持原品种优良性状的基础上，针对其存在的主要缺点，通过选择而得到改善。根据各地果树种类的不同特点和要求，确定芽变选种的目标。例如枇杷着重选择果大、核小或少、可食率高的类型。芽变选种应在整个生长发育过程中的各个物候期进行细致观察和选择。除经常性观察外，还需根据选种目标抓住最易发现芽变的有利时期，进行集中观察选择。一般在果实采收期最易发现果实经济性状的变异，如果实的着色时期、着色状况、成熟期、果形、品质以及结果习性、丰产性等。最好在果实成熟前 2～3 周开始，以便发现早熟的变异。此外，在剧烈的自然灾害之后，如霜冻、大风、旱涝和病虫害，抓住时机选择抗自然灾害能力强的变异类型。
引种就是把果树树种或品种从原分布区引入新的地区试栽，鉴定其适应性及栽培价值。若原分布区和引入区的自然条件差异较小，或引入的果树适应范围较广，不必改变遗传性也能适应新环境而正常生长发育开花结果，则称为简单引种；若原分布区与引入区自然条件相差较大，引入的果树需改变遗传性才能适应新环境，称为驯化引种。
简单引种的方法：引种前，对其适应可能性进行全面细致地分析估计，把引入材料栽种后进行适应性和经济性状的观察鉴定，待确定其生产价值后，再在生产中大量繁殖推广。
驯化引种的方法：与简单引种不同的是驯化引种必须从种子实生苗开始，并有较多的个体数量，通过有性繁殖过程，发生基因的分离、重组，产生基因型多样化的后代，才能给选择适应性最佳的类型提供可能性。
从外地引入的树种、品种，当地的环境条件不一定都能充分满足其生长发育的要求，但可以通过某些农业技术措施加以改善。
有性杂交育种就是通过基因型不同的类型间配子的结合获得杂种，对杂种进行培育选择以获得新品种。杂交育种根据育种目标的要求，从育种资源中挑选最适合作为亲本的类型。由于杂种多表现母性遗传，所以作为母本应具备较多的优良性状和较强的遗传能力。亲缘关系较远的变异大，容易得到杂种。
诱发突变育种就是人为地采用物理和化学因素，诱发果树产生遗传性的变异，经过后代选择和鉴定，培育新品种。辐射诱变常用 X 射线、γ射线和中子。如柑桔休眠接穗用γ射线 500～7500R，种子用 1000～15000R。化学药剂诱变常用秋水仙素。如处理柑桔萌动种子或嫩芽，浓度以 0．2％～0．5％为宜，可用浸泡法或涂抹法，处理时间一般为 24～96 小时。经过处理新产生的植株，要经过多次嫁接分离，表现出突变性状，然后进行观察鉴定和选择。
