鼻腔粘膜常有表皮葡萄球菌和金黄色葡萄球菌存在，有时有甲型链球菌、棒状杆菌（Corynebacterium）、布兰汉菌（Branhamella）等。医务人员的鼻腔若带有金黄色葡萄球菌，常会污染病房空气，这就使免疫力低下的病人意外受到感染，我们称这种感染为医院内感染。医院内感染加重了患者病情，应引起人们重视。咽喉和扁桃体粘膜上普通存在甲型链球菌，经常有肺炎链球菌、乙型链球菌、流感嗜血杆菌、铜绿假单胞菌等。
上呼吸道的菌群进入下呼吸道后，由于受到机体多种免疫因素的影响，菌数逐渐减少而消失。正常情况下，支气管末梢和肺泡是无菌的。