口腔中有弱碱性唾液、食物残渣等，为正常菌群的繁衍提供了合适条件。最常见的菌群是甲型链球菌和厌氧链球菌，其次是表皮葡萄球菌、奈瑟氏菌（Neisseria）、乳杆菌（Lactobacillus）、螺旋体（Spirochaeta）、假丝酵母（Candida）等。当拔牙时，甲型链球菌可通过伤口进入血流。一般情况下，少量菌很快被肝、脾、淋巴结和骨髓中的吞噬细胞清除。但若心脏瓣摸有病损，或者是安装了人工瓣膜的人，细菌就会被阻留在那里并繁殖起来，导致内心膜炎。厌氧链球菌中有一种变异链球菌（Streptococcus mutans），与龋齿的形成关系密切。该菌能分解食物中的蔗糖产生高分子量、粘度大的不溶性葡聚糖，以致将口腔中其它菌群粘附于牙齿表面而形成菌斑。其中的乳杆菌能发酵多糖类产生大量酸，使酸碱度下降至4.5左右，使牙釉质和牙质脱钙而造成龋齿。新生儿出生后数天内的口腔菌群，与母亲阴道内的菌群相同，随后逐渐接近成人的口腔菌群。
消化道中的正常菌群的种类和数量，在不同部位是不同的。胃酸的酸度很高（pH2-3），因而胃内基本无活菌。空肠和回肠上部的菌群很少。结肠和直肠则有大量细菌，主要是类杆菌（Bacteroides）、双歧杆菌（Bifidobacterium）、大肠埃希氏菌、乳杆菌、铜绿假单胞菌、变形杆菌（Proteus）、梭菌（Clostridium）等。1克干粪含菌总数在4千亿个左右，约占粪重的40%，其中99%以上是厌氧菌。肠道菌群受饮食、年龄等因素影响很大。多食蛋白质的人，大肠埃希氏菌生长旺盛；以吃淀粉为主的人，乳杆菌较多。哺乳期婴儿的肠道菌群主要是双歧杆菌，占总菌数的90%左右；随着成长，双歧杆菌下降，类杆菌、乳杆菌、梭菌等逐渐增多。
婴儿刚出生时肠道是无菌的，1-2小时后就有菌出现。开始时菌种和数量少，随后逐步增多。先定殖的是需氧菌，然后是厌氧菌。因前者生长繁殖需消耗周围微环境中的游离氧，这有利于厌氧菌的繁殖。此过程约1周左右。
