纳豆源于中国。纳豆类似中国的发酵豆、怪味豆。
日本也曾称纳豆为“豉”，平城京出土的木简中也有“豉”宇。与现代中国人食用的豆豉相同。由于豆豉在僧家寺院的纳所制造后放入瓮或桶中贮藏，所以日本人称其为“唐纳豆”或“咸纳豆”，日本将其作为营养食品和调味品，中国人把豆豉用锅炒后或蒸后作为调味料。
纳豆传入日本后，根据日本的风土发展了纳豆，如日本不用豆豉而用大酱，或用酱油不用豉汁。而且由于系禅僧从中国传播到日本寺庙，所以纳豆首先在寺庙得到发展。例如大龙寺纳豆、大德寺纳豆、一休纳豆、大福寺的滨名纳豆、悟真寺的八桥纳豆等，均成为地方上寺庙的有名特产。
日本人喜欢食用纳豆。他们主要食用咸纳豆与拉丝纳豆，关西人喜欢前者，关东人则爱吃后者。拉丝纳豆由于发酵方法不同，而出现一种黏丝，是不放盐的。