族群量的式微终会导致种的灭绝。其实物种的灭绝也是地球自然变迁的过程，只是这原本是以百万年计的变迁速率，现在却缩短到只有几十年的时间，且是毁在地球上单一的物种--「人类」的手中。地球上物种灭绝过去平均每百万年消失9%，或每年1~2种；即使在侏罗及白垩--三叠纪时代的大灭绝，当时在1万~10万年内消失了50~75%的海洋生物相，也比不过本世纪物种灭绝的速度--平均每天300种，每年10万种。这种千、万倍于过去正常地质史上的绝灭，和十、百倍于过去大灭绝的速率，怎能不令人忧心如焚。
鱼类的濒危或绝灭由于欠缺研究资料，真实情况如何，尚不十分明了，目前已知正濒临灭绝的鱼种即有800种之多。根据IUCN（1988）所列之保育名录，共列了596种鱼类，但其中所列的24种已绝灭的鱼种中，有23种产于北美洲。换言之，全世界各地更多已灭绝的种，可能由于缺乏调查研究的资料，死得无声无息的应更是比比皆是。
就淡水鱼而言，在北美的1,000种淡水鱼中，有35%需列入保护，欧洲的200种淡水鱼，有40%需要保护，澳洲则是200种的30%，南非则是100种的60%，而广大的亚洲及东南亚则尚缺乏数据，至少已知13%亟需保护。总之在全球9,000种淡水鱼种，估计将近有20%，1,800种亟待拯救，绝大多数都是分布范围狭窄，对栖地或环境条件要求严格的种类。淡水鱼的灭绝原因，不外乎是栖地破坏或污染（73%），其它原因包括外来种（38%）、杂交（38%）、过渔（15%）等等各种因素交互作用。也有因地理隔离，即栖地碎裂化所造成的绝灭，如一种八目鳗（Lampetra minima）。
在IUCN的名单中，海水鱼很难出现，一方面是因其地理分布范围广，较易由邻近之并他族群所补充，即「后族群」（metapopulation），二来是因调查监测困难，很难证明它已濒临灭绝，同时也有将近半数的海水鱼种是天生稀有，即原本数量即少，很难去区辨是因人为或自然的原因，且要了解它们维持种族存续的最低族群量也实在不易。也难怪只有像腔棘鱼那样分布窄的鱼种IUCN才有把握将它列入保育种。另一种列名的加州大型黄花鱼（Totoaba macdonaldi）则是因为它是加州湾的特有种，体型可达2m，重逾100公斤，需要生活在河口，仰赖干净的淡水入流，但却受到当地捕虾船的误捕，特别引起大家的关注，所以才会被列入。
在本世纪之末时，我们不幸见证到了全球各地，由于地区性或全球性的环境变迁导致了鱼类生物多样性的衰减。主要原因不外乎栖地破坏、外来种引入、污染、过度和非法捕捞及误捕、全球气候变迁等。这些因素不但使鱼直接猝死，也可经由生物累积的毒性使遗传多样性改变、生殖力减弱的慢性间接死亡。归究其因，不外乎是因为人口膨胀，土地及水资源开发压力，消耗资源及污染加剧所致。
(1) 栖地破坏 -- 由于水流量减少，水库、水坝兴建，河川渠道化、水泥化、堤防化；海岸开发，筑堤建港，兴建新市镇、工业区、道路、港口，或在近沿海在非砂泥地的岩礁或珊瑚礁从事底拖、采矿、拋锚、不当潜水、盗采珊瑚，使沈积物大量堆积，以及有毒污水排放、海拋等等，都会破坏鱼类仰以为生的各类不同的栖息地形及底质。
(2) 外来种引进 -- 非经自然营力而将鱼类导入一个新的自然地理区均属之。在自然情况下，物种会受到物理环境的隔离及种扩散的能力而维持区域性共同演化的平衡状态。物种在其原有栖地?有自己的寄生虫、掠食者和竞争者及饵料生物物种，也演化出自己适合存活于当地的谋生本领。但人为不当的引入却打乱了这一切。特别是因食物、栖地的竞争，与本地种杂交、传染疫病，或直接掠食本地种等因素，易使本地特有种灭绝。引进（introduction）若系在本国内行之谓移殖（transplants），跨越国界则谓舶来（exotic）。水产养殖、饵种或观赏鱼的不慎外逸，或人为的刻意放生、弃养是最常造成外来种问题的因素。据统计全球已有超过160种鱼类已被人为搬运而存活在各地不同水域。如在北美洲，1990年即已有47种舶来种存活下来，单是夏威夷即有33种之多，如其中体型小外来种的四线笛鲷，即驱走了原本当地数种大型笛鲷，成为典型海水鱼外来种之例。其它如八目鳗、大口鲈、食人鱼、吴郭鱼、虹鳟、?亶膜帠多鲤、鲶、鲈科鱼种的淡水外来鱼种之例，可说多的不胜枚举。经由货柜压舱水（ballast waters）运搬的外来种海水鱼的例子则尚不多，已知者包括一种欧洲鲈（Gymnocephalus cernua）会吞食当地白鱼（Coregonus spp.）的卵；欧洲三棘鱼（Gasterosteus aculeatus）移入北美后与当地族群杂交；?痕瞗]Acanthogobius flavimanus）从亚洲引入旧金山后成为当地之显著种等。
(3) 污染 -- 人类所制造的成千种污染物质可以呈溶解状态或附着在悬浮颗粒上，再经由下水道或雨水、河水流入海中，特别是重金属、残氯、杀虫剂、肥料、清洁剂、石油等毒物，以及过多之有机、无机营养盐，造成水质优氧化，再经食物链传递的生物累积效用，影响到其它鱼种甚或海鸟及海哺类动物，乃至人类本身。来自空气污染的酸雨，若改变河水之pH值（
(4) 商业捕捞 -- 人类的过渔行为和自然水域中大鱼吃小鱼有基本性质上的差异，后者则是很有智能地只吃年幼或年老体弱不健康的个体，不会笨到赶尽杀绝，而最后自己饿死。但人类的捕鱼却常是不分大小（年龄）、不分性别，甚至不分种类一网打尽。更糟的是把正要去产卵洄游的鲑、乌鱼、飞鱼等中途拦截，鱼卵俱获，或是竞相捕捞那些好不容易才长到可以产卵繁殖的大型石斑、鲨鱼、鲔鱼、旗鱼等等。在这种不懂何谓永续经营的愚蠢行为下，鱼类资源自然迅速衰退。许多鱼种虽未完全绝种，但已由过去的重要经济鱼种，变成现在已无商业价值的「商业性灭绝」，譬如太平洋魦?县卺翔|的鳀鱼即为其例。「过渔」的问题不单是资源量锐减，使再生性资源一蹶不振，它同时会使鱼演化成生殖期提前，产卵季缩短，体型小型化等效应。当族群量一旦萎缩到遗传多样性过低的瓶颈效应时，物种随即灭绝。此外，误捕造成资源的浪费亦甚严重，如在东南亚的虾拖，为拖1公斤的虾，其细密的网具可浪费3-130倍的小鱼（下杂鱼），受波及的种类则超过100种之多。幼鱼资源受破坏后，在无足够补充量的情况下，自然就抓不到大鱼了。此外观赏鱼的水族饲育，或吃活海鲜的不良风气，也促使渔民使用氰化物下海大肆捕捞珍稀、色彩艳丽，或体大可食用的珊瑚礁鱼种，如蝶、棘蝶、隆头、笛鲷、鹦哥、粗皮、鯙、皮剥鲀、单棘鲀、雀鲷、金鳞鱼等许多鱼种即因此在迅速消失之中。
(5) 全球气候变迁 -- 自公元1800年工业革命所制造的二氧化碳、甲烷、氟氯碳化合物、氧化氮等的温室气体，已使地球平均温度在本世纪增加了3℃，比起过去冰河期后之地球均高高出10倍之多。温室效应的结果使海平面上升0.3-0.7m，改变了海岸湿地、红树林及沼泽生态系，这些原本都是鱼类重要孵育场所。圣婴现象造成珊瑚白化，若加上人为破坏的推波助澜，将会使珊瑚万劫不复，仰赖珊瑚为生的珊瑚礁鱼类势必随之大量消失。此外海流的改变也会改变海水鱼类的分布范围；台风洪水及干旱造成鱼类栖地（特别是河川）的急剧改变也会对鱼类造成短暂的剧烈冲击。
