牙签的卫生状况和正确使用直接关系到牙齿的保健和口腔卫生，切不可掉以轻心。不正确的使用牙签至少有四大危害：
首先是消毒不严、管理不善的牙签易引起疾病。任人抓取的牙签上附带的各种各样的细菌、病毒会通过牙签进入人体内，据卫生部门化验，一根小小的牙签上竟“藏”着几万个细菌。
其次是牙签使用不当，将导致牙周疾病。如果无塞牙现象而乱剔牙或牙签使用不当就会造成牙龈炎、牙龈萎缩、牙间隙增大而导致牙周疾病，切不可将牙签用力压入牙间乳头区，因为这样会使本来没有间隙的牙齿间隙增大造成牙周病。
第三，叼含牙签不慎可能危及生命。据济南市口腔医院介绍，有消费者因叼含牙签不小心吞进肚内，把小肠穿破，经医院紧急手术开刀才从体内取出，险些丢了性命，类似患者近期该院已收治两例。
此外，木制牙签造成木材消耗巨大，同时牙签生产走街串巷和使用后也对环境造成污染。