印度军方认为，青藏铁路完工为中国的洲际弹道导弹提供了更大的机动性，如此将增强中国对印度的军事攻击能力。在青藏铁路完工前，印度媒体与军事研究机构即曾多次警告：“中国正缓慢、但有条不紊地收紧套在印度脖子上的绳索！”
印度相关研究机构指出，青藏铁路为解放军东风31型导弹提供完美的隐蔽场所，每列导弹火车可以携带30枚核弹头，就如同解放军目前用弹道导弹威胁台湾一样，这条铁路将会成为印度的梦魇。
印度媒体还指称，青藏铁路的建成运行极大地提高了中国的军事机动及后勤供给能力，可使中国政府每年向西藏运送五百万吨物资，也可以在一个月内运送多达12个陆军步兵师。
近几年来，印度媒体对青藏铁路的报导可说是巨细靡遗；政府部门及智囊机构也多次召开会议，讨论青藏铁路通车后对印度乃至整个南亚次大陆的影响。
中国与印度曾在1962年发生战争，近年来双方敌对情绪虽然逐渐化解，但边界争议未有最后定案，彼此仍视对方为“假想敌”。而印度对青藏铁路通车后，最忧心的就是：中国对印度战略威胁将大幅增加。
除了对印度的军事威胁之外，通车甚至可能改变整个南亚次大陆的地缘战略形势。北京学者坦言，青藏铁路除加强西藏与中国西部及东部沿海经济一体化的战略作用，并将为建构“南亚大陆桥”奠定基础，使中国突破能源与外贸的“马六甲困局”。
