东京大学成立于1877年，是日本创办的第一所国立大学，也是亚洲创办最早的大学之一，公认为日本最高学府，是亚洲一所世界性的著名大学。它的前身是明治时期创办的东京开成学校和东京医科学校。如果追溯得更远些，最早是幕府时期设置的“兰学”机构“天文方”、昌平坂学问府、种痘所历经演变而来。明治维新初期，日本政府公布了“新学制令”，为向欧美学习打开门户，于1877年根据文部省指示将上述两校合并，定名为东京大学。当时已有一定规模，在校生有500余人，设有文学、法学、理学、医学4个学部，不久文部省兼管的东京法律学校并入该校，隶属法学部。1886年，明治政府为适应国家需要，培养具有国家主义思想的人，颁布了“帝国大学令”，东京大学改名为帝国大学，采用分科大学制，原来工务省管辖的工科大学，农务省管辖的东京农林学校和山林学校合并建成的农科大学，相继成为帝国大学的工科大学和农科大学，以前原有的几个学部分别改为法政大学、医科大学、文科大学、理科大学；并开始设置研究生院。成为一所名符其实的大学。1887年制定了“学位令”后，增设博士和大博士学衔。其间，各帝国大学纷纷冠上本地名称，为示区别，帝国大学的名称前面添上“东京”二字，更深一层含义是使其成为各大学的样板。这时学校的体制也发生变动，为便于统一领导，分科大学制又改为学部制，法学部增设商学系，10年后该系扩充而升格为经济学部，到战前的几十年间，东京帝大学各方面都有长足发展，培养了几万名毕业生。
二次大战后，清除了军国主义教育的一套做法，调整了机构和不合理的制度，并去掉了“东京帝国大学”中的“帝国”二字，重新恢复了最早东京大学的校名。改制后的东京大学又新设了基础学部、教育学部，把东京帝大时的附属医学专业部、第一高中、东京高中亦同时并入，原有学部中又分化出新的学部，一大批研究所和研究中心相继成立，今天，东京大学已成为具有10大学部，11个研究生院，12个研究所，数万师生员工的综合大学。1986年亚洲一些大学校长和行政管理人员投票评选10所世界著名大学时，东京大学作为亚洲唯一代表入选，这是东京大学的荣耀，也充分证实了它的学术水平。
10大学部，共537个讲座
法学部 为东大历史最老，也是声望很高的学部，日本历史上很多政界要人均出自该学部。设有民主、公法、政治学3系，附属部门有外国法文献中心，近代日本法政史资料中心。
文学部 设文学、史学、语言学、行动学4系，附设文化交流，北海文化研究两实习实验部门。该学部亦出过众多名扬日本的文学家、诗人、俳名作家、艺人等明星。
经济学部 仅含经济学、经营学两系，附属有日本产业经济研究室。
教育学部 设教育学、教育心理学、学校教育、教育行政、体育和健康教育5系，附属学校有中学、高中各一所。
医学部 有医学、健康护理学两系，附设脑研究实验室、医学电子实验室、声音语言医学实验室、实验动物饲养室，两所附属医院，附属学校有养护学校、接生护士学校。该学部以外科，特别是脑外科在世界上十分有名。
理学部 设数学、信息科学、物理、天文、地球物理、化学、生物化学、生物科学、地学9系，附属部门有临海实验场、植物园、基本粒子物理国际中心、光谱化学研究中心、地壳化学研究室、天文学教学研究中心等。
工学部 东京大学最庞大的学部，含有23个系109个讲座，几乎覆盖了所在地工程学科，包括土木、机械、电子、船舶、航空、原子能、资源、金属、材料、应用化学、应用物理、计算等领域的众多学科，还设有一个工程基础系，一个原子能工程研究和综合试验场。
药学部 只含药学、制药化学两系，附设药用植物园。
农学部 开设农业生物学、农业化学、林业学、水产学、农业经济学、农业工程、兽医学、林产学8系，附设有农场，实习林场、牧场、兽医院、水产实验场、绿地植物实验场等实习实验设施。
教养学部 负责全校低年级学生的公共基础课，下分综合文化、地区文化、社会科学有关学科、系统自然科学、自然科学有关学科5系，并设有美国研究资料中心，语言文化中心、数理科学研究室等。
研究生院
研究生院设有人文科学、教育学、法学与政治学、社会学、经济学、综合文化、理学、工学、农学、药学、原子能、数理科学12个研究科，共分104个专业研究方向。研究生院又具有学部的教学功能，它设有为本科生和研究生授课的教研室一类组织95个，分属于10个相当于系一级的机构中。
研究所
东京大学的科学研究力量强大，机构众多，共有12个研究所和13个供全校乃至全国共同使用的研究中心。
医学研究所早在明治时期由痘苗制造所、传染病研究所、血清药物院三部分组成，后三家合并为传染病研究所由内务省管理，战后改名为医学研究所置于东大管辖之下。它是东京大学以及日本大学中相当有名的研究所，把传染病、癌以及其它特殊疾病的有关病理和治疗的研究作为主要研究对象。研究的内容有细菌、病毒、寄生虫等病原物特征特性，致病的病因机理，致病生物的细胞学、分子生物学，遗传病的发生原因、规律及治疗，癌的发生发展，抗癌手段等一系列当前医学上重大理论问题和应用问题。共设有25个研究室，附设有实验动物饲养、动物致病试验，微生物菌株保存，遗传基因破译、分子病研究等部门，亦有一所附属医院。该所有许多人员因医术高明、学业有成在世界上享有盛誉，杉村隆因在胃癌研究中心对癌细胞突变、致癌物的研究成绩卓著，曾获日本文化勋章。在致癌物研究方面知名的人物还有松岛泰次郎等人。
地震研究所 是日本该领域唯一的研究所。1925年设立、理论研究项目有地震波，地震发生机理，火山的地质、物理、化学、海啸，海底地震等；应用研究上有地震、火山、海啸的预测预报，抗震建筑，地震探矿等，还设有强震预测中心和地震预报观测中心，在全国各地设立有近20个地震、火山、海啸观测所（站）。
东方文化研究所 致力于东方文化的综合研究，吓分泛亚、东亚、南亚、西亚等研究室。其中以对中国的研究最为全面，力量最强，资料十分丰富，研究涉及政治、经济、军事、文化、艺术、历史等领域，附设有东方文化广献中心。
社会科学研究所 从研究范围上分为两方面，一是社会科学的综合性研究；二是重在比较方面的研究，目光瞄准当代国际社会，从当代政治、法律、经济、社会文化等方面进行全球的比较研究。还设有供外来人员参加研究的现代日本社会研究室。
史料编纂所 是历史悠久的史料馆，负责史料的研究、整理编辑和出版。从上至古代、中世纪到近现代的史料，古书散乱记录，特殊史料均在整理编录之内。
应用微生物所 研究常见微生物的基本特性及应用，包括发酵工程遗传育种及保存，酶、抗生素的生物合成工程，活性研究，基因转换等，附设有微细藻类综合中心。
生产技术研究所的前身是东京帝国大学第二工学部，主要从事军工产品的生产和运用，现为东京大学规模最大的研究所，设有44个工程技术研究室，其中多元数值信息处理工程研究室为客座教员研究室。并附设有千叶实验场，计测技术开发中心，尖端材料开发研究中心，灾害减轻国际工程研究中心，特殊电子学研究中心等机构。
社会情报研究所 设有传播媒体、信息传播、信息与社会3个研究室，附设传播媒体资料中心。
宇宙线研究所 进行天体物理研究，包括超高能量的强相互作用、弱相互作用，中子物理、宇宙线的观测及研究等。
原子核研究所 着重于原子核及基本粒子的实验研究以及有关的基本理论研究，研究内容有原子核瓜，放射能，高能粒子加速器装置，中子测定，高能粒物理，原子核测定装置等。其中超高真空学、中间能物理为吸收外国研究学者的客座研究室。
海洋研究所是日本该领域唯一的研究所，承担海洋方面的综合基础研究任务。有海洋的物理、气象、海洋的化学、生物学、海底结构及地质、海洋的生态，海洋微生物、海洋资源环境调查，海洋渔业开发等研究室，并拥有两艘海洋考察船。
物理研究所 进行材料特性实验研究及有关理论的研究，如物质极限特性，浓缩性，放射性，新材料开发等。其中固体特性、极限特性等二室为客座教员研究部门。
这些研究所中，宇宙线所、原子核所、海洋所、物理所为全国共同使用的研究所。除此以外，东京大学还有3个全国共同使用的大型中心：
大型计算机中心，据称是世界上最大计算机中心，装有8台
新型M-200H电子计算机系统，容量大，外围设备齐全，分时系统能力很强。由文部省直接支持，为文部省所辖大学服务，这样就构成了以东京大学为中心的东京都的计算机网络，统筹计算机的使用和调度。全东京都的大学教师和学生都有资格成为用户，为大学的教学和研究提供了方便的条件。
东大文献中心，1968年改名为“学术信息中心”，收集全国各
大学的学术研究信息，为高校的学术情报提供服务。
气候系统研究中心，根据气候模型进行气候系统的研究，有4个重点学科。
这些全国性共同使用机构，由文部省投资进行设备更新和组织人力，吸收外来人士，包括国外研究学者和国内其它大学教员，设备对外开放，实际上已成为全国性的科学研究中心。
此外，东大还有综合研究资料馆、低温中心、同位素综合中心、原子能综合研究中心、教学用计算机中心、环境安全中心、遗传实验室、留学生中心、尖端科学技术中心、人工物理工程研究中心、保健中心等部门。
根据1992年5月的统计资料，东京大学招收本科生3638人，报名者与录取人数之比为4.5:1，通过非考试特别录取的学生44人；录取硕士课程学生1,670人，录取率为2.5:1，博士课程学生937人，录取率1.4:1；现在校生为；本科生16134人，研究生7108人，还有在读的各国留学生1554人。到1992年4月止，东京大学共毕业了本科生197,419人；授予硕士学位30,970人，博士学位9，670人，论文博士学位旧制11,182人，新制10,661人。另外，尚有各种附属学校的在校生为：医学部的护士学校132人，助产士学校20人；教育学部的附属中学356人；附属高中344人。
同期有教职员工8,055人，总长1人，教辅35人，各种职员（包括行政人员、技术职员、医务人员中心护士、药剂师、放射线技师，临床卫生检测技师、营养师等）4,055人。教员3964人中教授1,133人，副教授1,083人，讲师170人，助教1,578人，教授副教授占教师队伍的56%。
东京大学共有藏书6,646,133册，其中西文书3,129，050册，分藏于全校60多个学部、研究所以及有关部门的图书馆和资料中心。中心图书馆藏书近100万册，38,600种期刊，每年全校订购新书近20万册。校内共有3所科类齐全的附属医院；医学部的附属医院，附属分院，医学科学研究所的附属医院，总共有病床1246张。
东京大学校区设在东京都内文京区本乡，占地面积40平方米，全校绝大部分机构均在这里。另外在目黑区驹场另建一新校区，为教养学部及部分后勤设施所在地。附属学校、工同研究部门，实验实习基地（如农场、林场、地震、火山、天文等观察站）、师生员工宿舍等分布于全国各地。原校本区的旧校门棗红门所在地，原为江户时代藩主迎接家庭成员的地方，大门被漆成朱红色。后经东京大地震和二次大战的破坏，1949年被国家定为重点文物。1991年重新修缮一新，十分有气派，现红门成为东京大学的代名词。
东京大学是日本国内首屈一指的国立大学，财政主要政府资助。1979?/FONT>1980年度政府给东大拨款达800亿日元，以后逐年增加，每年预算总在千亿日元以上。1991年度，学校自己收入352.13亿日元，其来源是附属医院收入占46.4%；学费23.6%；校产折卖，农场、林场收入，承担外界调查、试验收入占30%。此外，通过科研项目申请得到科研补助费77.25亿日元。支出共1122.03亿日元，各项开支如下：大学附属医院占20.4%；整个学校事业费49.5%；研究所16.1%；科研7.5%，设备费6.5%。
根据“学校教育法”规定，大学设立评议会，为学校最高权力机构。评议会成员由总长、各学部长、直属部门负责人（如图书馆长、研究所长、研究中心主任、研究生院院长）、每学部两名教授代表组成。总长为评议长和法人代表，总长、校长两职合一。评议会的职责是审议、协调、决定学校重大事项和监督总长工作。行政管理工作经评议会审定后交总长通过行政部门贯彻执行。现任总长为有马朗人，为东大第31任总长。各学部设有教授会，由全体教授组成，并吸收部分教职工代表参加，选举学部长和决定学部一些重大事项。学校的行政管理系统为：总长1人，不设副职，通过总长室两名特别助理与事务局、学生部、图书馆、各学部、各研究所和研究中心进行协调。事务局为全校行政中心部门，下分规划部、事务部、经理部、设备部等。政府（实际上是文部省）名义上不干涉学校具体事务，让学校自主办学，由于东大的特殊地位，事实上政府会经常派员到学校部门中任职，加强对学校的人权和财权的控制，以保证对东大的重点领导。
东京大学由于学科齐全，经费充足，教员队伍整齐，一些传统学科办学水平高，教学和研究的力量与水平是日本其它大学无可比拟的。为迎接新技术革命的挑战，国家正组织几所国立大学和有关部门，进行当前及21世纪几项重点项目的共同研究，在这场“重点会战”中，东京大学无疑起着“领头羊”的作用。
能源开发研究 日本政府每年投放多达80亿日元给东大、京都、九州等数所大学进行核聚变的基础论研究，以此开发新的能源。东大的理学部、原子能所、工学部等单位联手进行加速器科学、基本粒子、原子能等方面的理论与工程研究并已取得了初步的成果。
宇航研究 以东大宇宙线研究所为首的此项研究近年有较大的开展，日本政府每年拨款百余亿日元设备制造费和试验费，至今已发射了14颗卫星和多颗运载火箭，进行极光观测，探测行星和地球磁场，开展天文物理、无人宇宙实验室的试验。
地震火山研究 这项研究在世界上处于领先地位，政府每年拨款20亿日元进行此项综合研究，并在东大建立全国性的地震变化资料处理中心，在全国各地地震火山多发地区均设立了装置先进、预测可靠的观察所。
海洋研究 1967年东大海洋研究所建在一艘大型海洋勘察船，开展海洋勘察和海洋综合研究，后又建造一艘更加先进的船，近年来同美国财团合作，进行深海钻探，重大海洋地壳构成、海底生态、海底资源开发等领域。文部省拨款组织东大等校人员数次参加南极的综合科学考察。
癌研究 早在1983年日本政府提出“癌研究十年计划”，由东大、东北、大阪等大学参加，并与美国有关研究机构合作，集中对致癌原因、诊断方法、治疗途径三方面进行研究。研究还涉及生物化学、遗传学、核物理学等学科，东大的医学科学研究是该项研究中的中坚力量。
社会科学研究分理论研究和比较研究两方面（由社会科学研究所和东方文化研究所承担），另外特别集中对中国问题的研究，东方文化研究所12个部中就有9个部在研究中国问题，从远古到中华人民共和国、有关的学部中也有不少有关中国的系科专业设置。
东京大学建校以来培养了大量知名人物，据说当代日本知名人士中东京大学的毕业生约占半数以上。
政界为典型，人们说东大是“官僚的温床”，“总理首相人才的发生地”，“东大培养出来的人掌握着日本政治经济命脉”。这些说法从字面上看好像夸张了些，事实也确是如此！仅法学部的4万毕业生中就有2700人在官厅工作过。日本首相总理大臣中从1921年到1945年就有1/3出自东大，而战后到今除了少数几位外，其余均由东大人包揽。他们是：内田原哉、加藤高明、若规礼次郎、滨口雄幸、广田弘毅、平沼骐一郎、弊原喜重郎、后藤文夫、原敬（原外务省管辖的法律学校后合并到东大法学部）、吉田茂、片山哲、芦田均、鸠山一郎、岸信介、佐藤荣作、福田赳夫、中曾根康弘、宫泽喜一。在野党中有共产党的宫本显治、不破哲三、上田耕一郎，社会党的在田知己，新民连的田英夫、江田五月等均出自东大。在社会活动家中有曾担任过中日友好协会副会长的向隆坊，“鲁迅通”竹内好等。
在科学家中有长冈半太郎（后为大阪大学首任总长）、高木真治、近藤平三郎、小平邦彦、茅城司等知名学者。还有历史学家井上清，经济学家大内兵卫。
在文艺方面亦是人才辈出，大文豪中川端康成获得诺贝尔文学奖，还有夏目漱石、森鸥外、永井荷风、广津柳浪世界闻名。北桦派有志贺直哉、菊池宽、芥川龙之介，以后者命名的“芥川奖”为日本国内著名的文学奖。短歌俳句方面有权威正冈子规，诗人上田敏，作家坛一雄、太宰治、三岛由纪夫、小田实、名峙润一郎、铃木三重吾等均是国内受人欢迎的艺术家。此外还有演员山村聪、南原宏治、平田昭彦，歌手加藤登纪予，多才多艺者桥木治等。
在日本较大的公司中任董事长、总经理、部长等重职者尤以旧帝大毕业的人居多，据资产在10亿日元以上的公司统计，在这些公司中担任上述重职的人，东大毕业生要数第一，所以有“东大人掌握国家政治经济命脉”的说法。
从仅次于诺贝尔奖“日本学士院奖”的获奖情况亦可看出东大的雄厚学术实力。该奖同诺贝尔奖的不同之处是，它包括自然科学、人文科学、社会科学12个学科，从中更可衡量一个学校的综合学术优势。从获奖者所出身的大学分析，20年代是东大的一统天下，其获奖人数占全国总获奖人数的73.1%；30-50年代尽管有其它几所旧帝大来分享其成果，但东大的获奖人数仍占64.1%；50年代以后，数百所大学与之竞争，但东大获奖率仍有50%左右，稳座“老大”交椅。在12个学科领域中，金牌全部由东大人垄断；除了经济学科外，其余学科东大人获奖率均达50%左右，其中数学、物理、哲学、法学和政治学均超过70%。全国所在获奖人中曾在东大工作过和正在工作的共有205人，占总数的35.8%，这些人中绝大部分（占93.2%）是东大的毕业生，他们为母校作出自己应有贡献，给东大校史上添上光辉的一页；另外，也有不少东大出身的获奖者，他们一毕业之后就进入其它大学工作，也为其他学校赢得了荣誉。
东京大学以其高质量的办学水平和一流的学术地位为国内和世界所瞩目，现今已成为日本对内对外学术交流中心。国际交流方面，到1992年5月止，已有59个国家和地区1,554名留学生来东大学习；东大亦派出了214名留学生分赴世界29个国家和地区，其中读学位的182人，大部分人是去工业化国家，仅英、美、德、法四国就占70%。同世界18个国家地区36所大学签订了校际学术交流协定，之中有中国的北京大学、清华大学、复旦大学和中国社会科学院。学生相互交流的有8国13所大学。个别学院、部门开展学术交流的有8国14所大学，其中有中国科学技术大学、北京林业大学、大连理工大学。此外，接受外国的研究人员和访问学者1,019人，大部分来自亚洲的中国、韩国、泰国、印度尼西亚、马来西来、新加坡和欧洲的英、法、德和前苏联等国以及北美的美国、加拿大。
国内交流方面，已接受大学及研究部门的各类进修人员692人，其中读学位的42人；东大派出进修和委托其它单位培养的52人，研究生院中各研究科同其它大学互换培养研究生为：接受37人，派出18人。
东京大学是所历史悠久的著名大学，它保持着传统大学的特征：多学院、多学科。目前全校的学科差不多全是老学科，办学水平很高，几乎所有学科均能授予硕士和博士学位。对新建学科和教学上的改革持慎重的态度，他们认为必须保持学校的一贯传统，不要人云亦云，方能办出高质量和自己的特色。“以质取胜”，“以质取量”是东大的办学目标，全校教职员工是这样认为的：保持学校的稳定和学术上的高水平是维系学校尊严和荣誉所不可缺少的。因此他们在培养人才方面着眼于高质量，为达到这个目标，他们采取了一些措施：为控制学校规模，不宜把学校办得过大，以维持学校运转的高效率，目前一直把本科学生人数控制在15000人左右；强调大学在搞好教学同时，开展科学研究，多出世界前沿的学术成果；精心选择，建设一支高质量的教授队伍；教学上强调基础知识教育，规定4年制大学生必须有两年时间在教养学部学习共同必修基础课和一部分专业基础课；建立导师带研究生制度，对研究生严格要求，同时充满爱心，悉心指导等等。
东大为适应形势的发展，现正着手酝酿教育的改革。如1992年4月理学部、工学部就准备进行体制上的改革，一改过去那种研究生院在设施、预算、教师等方面依靠学部的倾向，使研究生院拥有人事权、预算权，教师直接归研究生院管理，并改变以前由少数教授、副教授、助手构成的“讲座”为多名教授、副教授组成的大讲座。这项改革对加旨学科间综合、交叉、渗透，加强科学研究方面必将产生深远影响。另外，“把东大办成研究生院”的设想，建立本科椦芯可?/FONT>6-7年一贯制培养体制的呼声亦得到了全校多数人的响应。以1991年为例，在本科毕业生中，就职的占53.5%；，进研究生院的有37.6%。在日本这样高的比例不能不让人刮目相看。
在日本，学生以东大学习为幸，教师以在东大任教为荣，这股风已在东大校园传播开来，成为东大的一种无形的凝聚力量。今天，东京大学不仅对国内，而且对世界都有巨大的吸引力，所以，它被作为世界性的一流大学是众望的，当之无愧
