科技部创新药物与中药现代化重大科技专项于2002年7月正式启动，在国家新药研究与开发协调领导小组各成员单位的积极支持下，重大专项管理办公室和总体专家组密切配合、精心组织、加强管理，取得了较好的成绩。
到目前为止，专项共取得新药证书22个，27个品种已完成全部研究工作申报新药证书，115个品种已进入临床试验阶段，同时还有近百个创新性强、前景较好的品种课题处于临床前研究阶段；根据新药研发特点，建立了六类药物研发通用平台，三个生物技术药物平台和二种中药质量标准研究关键技术平台，初步构建了国家创新药物研发技术联盟；申请国际专利114项并获授权35项，申请国内专利529项并获授权175项，为我国医药产业走自主创新的道路跨出了扎实的第一步；共培养博士研究生265人，培养硕士研究生427人，专项还专门设立的博士基金课题43项，对全国40个省、自治区和直辖市的新药科技人才进行培养；发表论文1573篇，其中被国际SCI刊物收录的达172篇，国内SCI刊物收录的70篇，还发表专著34部。