2006年1月，科技部基础司在北京组织了植物基因组学国家重点实验室验收会议。以张启发院士为组长的专家组听取了实验室的建设报告，考察了实验室的建设情况，经过认真讨论，同意通过验收。
专家组认为：植物基因组学国家重点实验室自2003年12月批准建设以来，根据国家战略需求与科学发展前沿趋势，积极调整学科布局，确立了明确的研究方向，在高等植物株型形成的分子机理、水稻着丝粒的结构与功能、植物抗生物胁迫与非生物胁迫的分子机理、植物病原菌功能基因组学及其致病机理等方面取得突破性进展；实验室建设期间，面向国内外公开招聘了实验室主任，成立了学术委员会，在实验室硬件环境建设、人才队伍建设方面均完成了建设计划；实验室建立了完善的科学管理制度和运行机制，按照“边建设、边开放”的要求，坚持对外开放与合作交流，提高了在国内外的影响力，在国际植物基因组学研究领域表现出强劲竞争态势。
来源:科技部网站