Shawn正在和手下人准备应付Jordan的袭击。Shawn的妈妈和弟弟突然到访，弟弟决定接受Kevin的"Promicin预知测试"。
Maia开始生病，Diana很担心。此时，Marco上门带给她一个重要信息：强辐射（比如钋元素）也许能摧毁Tom体内的Nanites，但Tom本身也会有危险。
Tom通过电话查询得知Diana和Meghan去过温哥华，立即明白了一切。4400中心，Kevin告诉Shawn的兄弟，他如果注射 Promicin，将不会有生命危险。与此同时，Tom来到温哥华杀死了Curtis Perk。返回NTAC后，他向Diana摊牌，并将Diana打晕。
预言之城里，Isabelle终于决定对Jordan下手。行动前，她最后一次与Kyle温存。Marco等人得知Curtis被杀害后，制定了一个对付Tom的计划。而Shawn的弟弟接受了Promicin注射，并活了下来。
Maia向Diana承认Tom来过家里，Diana变得十分紧张，要带Maia去旅馆暂住。
Jordan被Isabelle抓到了"印记人"的秘密据点。原来，"印记人"打算将Jordan变成自己的同类，并利用他可以吸收 Promicin的能力，彻底消灭所有超能人。Kyle发现Jordan失踪后非常着急，但是Cassie却提醒Kyle应该接替Jordan掌握大局。正当Tom为抓获Jordan而沾沾自喜时，Maia突然从旅馆房间打来电话，称Diana最近有点不正常，还说她曾看到一个幻象：Diana开枪击中了 Tom。
4400中心，Kevin和Tess推心置腹地交谈了一番。随后，Kevin劝说Tess暂时离开，并承诺自己事后会去接她。
Tom追踪Maia的电话找到了旅馆，Diana和Meghan正埋伏在房间里等他。Tom打伤Meghan后逃进了附近一家超市里，最终被Diana追上。在迫于无奈的情况下，Diana开枪击伤了Tom。
第13集
被Diana击中的Tom生命垂危，NTAC则抓住机会使用钋元素"净化"Tom体内的纳米机器人。随后，他们找来Shawn为Tom疗伤，Tom 的命保住了。与此同时，Shawn的弟弟把七窍流血的妈妈送进了医院。但糟糕的是，凡是靠近他一定距离的人，很多人都会出现同样的症状，最终倒地死亡－－这是典型的抗Promicin症状。原来，Shawn的弟弟所产生的超能力就是在普通人群中传播Promicin，速度比流感还快。见到眼前这种恐怖景象，Shawn的弟弟转身逃进了黑夜中。
恢复正常后的Tom为自己做过的坏事深感自责，Meghan好言劝慰。医院的情况越来越严重，NTAC下令封锁了医院。Shawn的弟弟向Shawn寻求帮助，并承认自己该为妈妈的死负责。悲痛之余，Shawn决定设法阻止这场悲剧。
Isabelle仍然在"印记人"和"预言之城"之间举棋不定。尽管她不想再做个坏人，但Rebecca提醒她，她的命掌握在"印记人"手里。
预言之城里，Kyle以领导人的身份发表电视讲话，表示预言之城可以协助西雅图控制局势。此时，Promicin瘟疫已经蔓延到了医院之外的地方，甚至包括 NTAC总部，整个西雅图陷入一片混乱。Marco对NTAC总部所有活下来的人（包括Meghan）进行了Promicin测试，结果显示大家都呈阳性，唯独Diana例外－－原来，在上一季中Kevin对Diana的Promicin实验使她产生了抗体。