死者是海军学院的特纳，他的死亡方式显示是海军陆战队的手法，他的队友布雷克成了最大的嫌疑犯，因为他同时失踪了。艾比的电脑被黑客侵入了，麦基循着信号追踪，竟然找到了布雷克的尸体，死亡方式和特纳一样。电脑黑客被抓，他告诉盖布斯他们两个有一个共同的女友阿什莉，很有可能是争风吃醋致死。可是阿什莉告诉他们，两个人在几天前在帮她躲避教官里卡的骚扰……
第二十一集
海军陆战队士兵托布斯为了救战友死在了伊拉克战场，他的朋友艾米帮忙整理他的储物仓时，却在储物仓里发现了尸体，经过监测，是他青梅竹马的朋友诺拉，在两年前失踪。
海军调查委员会命令盖布斯查出真相，如果属实，会撤销托布斯的荣誉奖章。当地警长和诺拉的父母都认为是托布斯杀了诺拉，因为在诺拉失踪之后托布斯突然参军去了，而且尸体又在他租的储物仓发现，但是盖布斯并不盲从。
凯特和盖布斯去询问了艾米，艾米的回答没什么价值，之后竟然割腕自杀了，案情越来越扑朔迷离，这个时候，一段模糊的车库录像带来了希望……
第二十二集
NCIS总部收到一封印着唇印的信，托尼抢着打开了，里面跑出了白色的粉末，他们迅速被隔离，托尼最为有可能吸入粉末的受害者和患了感冒而免疫系统变弱的凯特一起进入隔离病房。
粉末被证实是肺炎瘟疫病毒，艾比和马拉德读了那封信，里面要求NCIS公开几年前的一个案件，是一起海军强奸案，罪犯至今逍遥法外。强奸案的受害者是一名叫萨莎的女孩，她的母亲汉娜是生化研究机构的执行总裁。盖布斯逮捕了汉娜，汉娜说自己只是想要公道。
只有托尼被感染了，病菌被证实是不能复制的，但是只有百分之十五的生存率。萨莎终于坦白当年的强奸案自己说谎了，可怜的托尼只能靠自己的运气了……
第二十三集
两名海军飞行员在度假途中被杀，其中一个被剁去了双手，盖布斯他们去调查，又险些被汽车底盘藏着的炸弹炸死，很显然他们被算计了。
追查工作进行的很艰难，炸药的成分，匿名的911电话，都是没法追查的，只能是职业特工所谓，正在此时FBI到访，原来艾瑞秘密回国了，他已经脱离的FBI的掌控，他这次回来的目标是杀死盖布斯！凯特被临时任命保护盖布斯。一架小型的可以装载炸弹的遥控飞行器被盗，现在知到为什么飞行员会失去双手了，因为中心的门是靠掌纹开启的。此时海军的大型舰艇就要靠岸了，很容易猜到恐怖分子要干什么，艾瑞早已不是什么双面间谍，现在他是彻头彻尾的恐怖分子！船就要靠岸了，飞弹已经飞出，盖布斯他们只能尽量组织悲剧发生……
