《X档案》分集剧情介绍：大结局
第1集 开端 The Beginning
在电影FTF里出现的变种alien从一个基因技术研究公司的员工肚子里钻出来逃跑了。Mulder和Scully找到了Gibson，他带Mulder 去找那个alien。Scully证明出Gibson可能是外星人（所有人类都可能是）。X档案现在由Spender和Fowley主管。Gibson最后又不见了。
第2集 向前冲 Drive
一个人驾车在公路上亡命奔驰，他必须不停地高速移动来防止自己的脑子炸开。Mulder上了他的车子。
第3集 百慕达惊梦/Triangle
Mulder 在海上找到了二战时期神秘失踪的Queen Anne号邮轮，船上的时间还是1939年。Scully和孤枪侠为找Mulder也登上了Queen Anne号，但船上的时间是当前。Scully吻了Skinner，Mulder吻了Scully，Scully打了Mulder，Mulder对 Scully说I love you。
第4集 梦境(上） Dreamland
Mulder和一个五十一区的黑衣人互换了身体，进入到对方的生活中。别人都不知道。
第5集 梦境(下) Dreamland II
他们想办法把身体又换了回来，谁也不记得发生了什么。
第6集 亲密关系 Terms Of Endearment
一个恶魔变成普通人模样到处结婚试图有一个正常的后代，他的现任妻子是个女恶魔，她一心想要有一个恶魔的后代。
第7集 雨王 The Rain King
小镇上的天气预报员一直深爱着一名女子，她的情感经历波折丰富。只是他们还不知道，他的情绪会影响当地的天气。
第8集 圣诞幽魂 How The Ghosts Stole Christmas
圣诞夜，Mulder拉着Scully来拜访一栋闹鬼的大房子。在房子里，一对几百年前在此徇情的情侣让他们经历了一次对彼此信任的考验。
第9集 心灵杀手 Tithonus
一个从死神的名册中被除去名字的摄影师，靠捕捉他人的死亡瞬间来寻求死神的重新眷顾。最终他如愿以偿，死神却对Scully背过了身体。
第10集 S.R.819
Skinner的身体被注入了纳米机器人，他的生死全由Krycek一手掌握。
第11集 父与子(上) Two Fathers
Spender 的母亲没有死。她意外成了第一例成功的人类/alien混种，也就是辛迪加与殖民alien协议研究的在殖民后为其充当奴隶的人种。同时，叛军外星人的力量暂时占了上风，他们渗入了辛迪加组织，意图夺走spender的母亲。CSM要继续保护和殖民方合作同时暗地研制疫苗的计划，在对自己亲手扶植的儿子 Spender失望之余，他找来Fowley帮忙。
第12集 父与子(下) One Son
辛迪加抓到了 Spender的母亲和MS。Mulder了解到如果殖民方alien知道混种研究已经成功，殖民就会开始，而辛迪加故意拖延研究混种并一直隐瞒真相是为了赢得研制疫苗的时间。意识到叛军的力量已是无法阻止的，CSM等辛迪加决定把Spender的母亲交给殖民方，让殖民开始，以保存自己。但叛军先行一步，最终夺走的Spender的母亲，烧死了除CSM外的所有辛迪加成员。CSM杀死了自己的儿子Spender。