第24集
佐助等人不顾三太夫的劝阻仍要与战士骷髅对抗，竟然真的不敌，在三太夫的解释下得知他们必须找到忍术秘籍，练成终极忍术才有办法对抗妖界大魔王，便就此踏上寻笈之旅。
第25集 （）
忍术秘籍为了帮助佐助尽早找到它，便托蝴蝶变成的丽花去助佐助一臂之力，变成人形的她难掩兴奋，一个劲的玩，却被朱尼亚少爷派去的一段绸缎妖怪狙击，丢了性命，佐助终于拿到秘籍，变成战士打败妖怪。
第26集
鹤姬要去寻找忍术秘籍却碰上伞妖阻挠，三太夫及时把鹤姬带回家去，告诉她自己身负的领队使命，并用其它四位忍者战士的假人来帮她，还好鹤姬并未为了忍术秘籍弃其它队友于不顾，的确具备了队长的资格。
第27集
晴海与才藏为了找寻忍术秘籍一起行动，谁知却碰上自称大魔王使者的妖怪战士努艾为抢功出面阻挠，将两人变成了河怪，要挟两人自相残杀，幸好两人得到无敌将军与忍术秘籍的帮助，打退敌人。
第28集
努艾在阻挠才藏和晴海受挫之后，又想打击儿雷也找寻忍术秘籍的企图，但儿雷也碰到的却是他在美国丧父之后，教他武术并待他如子的卡里师父，最后发现当年父亲竟是死于师父之手，愤怒之余决心为父报仇。
第29集
儿雷也得知父亲即为卡里师父所杀，气愤难当，终于将师父打倒，师父才道出自己受到妖怪努艾要挟杀人才肯救其女的过去，儿雷也为此不再怪罪于他，与众忍者齐心打倒努艾。
第30集
眼看着妖界大魔王复活的日子迫近，忍者战队要阻止大魔王复活只有破坏封印之门，却碰上鹤姬十年前为阻止魔王复活被掳而成为妖界一员的父亲：军师白面郎的阻挠，鹤姬会如何渡过这个考验呢？
第31集
在三太夫和白面郎的安排下，演出一场成功的戏剧，但却被朱尼亚识破，朱尼亚将三太夫打成重伤，忍者战队亦在忍无可忍与神翼号的帮助下变成超级隐流大将军，打败了朱尼亚，三太夫却因此而死，大魔王也复活了。
第32集
到处发生有人的脸被大嘴妖怪吃掉的事情，忍者战队在晚上苦苦等候，竟发现小春愿意让它吃掉五官，为了保护她害得才藏的脸也被吃了，最后才藏体会到要救大家，只有打倒妖怪，最后终于让大家找回了自己的脸。
第33集
佐助一行人到山上采松菇，却遇上了很奇怪的现象，村里的居民变得爱恶作剧，原来村里出现天邪鬼来捣蛋，天邪鬼假冒寺庙的住持，村人吃下魔菇。佐助等人挽救村人和天邪鬼展开一场大战。
第34集
洒砂姥姥出现了，弄得所有的食物都变成一堆砂，简直就是砂地狱，这样下去，世上的人类将面临饿死的危机，忍者战队为解救人类，想办法找出洒砂姥姥的弱点。
第35集
大魔王派出鼬鼠妖怪进行人类妖怪化计划，渗透到花代就读的小学，小孩子全都变成了妖怪，鹤姬巧遇过去正义三姐妹的另外两个姐姐，这次终于又能一起合作，破坏了大魔王的计划。
第36集
忍侠是三神将在一千年前的弟子，上了大魔王的当，曾经伤害过无数的人类，因此被关在神壶里面飘荡在宇宙空间，事隔一千年终于回返地球，在鹤姬帮助下从壶里出来，双方一起大战大魔王派遣的妖怪。
