第46集
乱太郎等三人打扮成海女蛋，假装要帮毒竹城城主们下海捕捉乌龟，可是新兵卫怎么都无法潜进水里，终于露出马脚。山田只好向大家承认自己一伙是忍术学园...
第47集
金乐赐师父得到一包从大明国来的宝贵佛香，迫不及待通知大家去欣赏。校长不想去，最后只好半强迫的要乱太郎等三人替他跑一趟。乱太郎等三人到了金乐寺...
第48集
乱太郎等三人奉校长之命，到森林里去采山菜，却在森林里碰见了一心想跟户部教官决斗的牧之介。牧之介在森林练剑已久，无法适应森林外边的脏空气，为了...
第49集
三人帮终于抓到在校园里鬼鬼祟祟的忍者，忍者一直缠着三人帮，要他们答应跟他比武。三人帮不解，询问原因，才知忍者正在参加毒竹城忍者考试，奉八方斋...
第50集
校长从小长大的朋友奇白斋，要乱太郎等三人陪他到一夜竹城打听他们的秘密通道。一行人来到一夜竹城，遵照奇白斋指示，使出风之术，到处散播谣言，想引...
第51集
粥井画师抓到了偷他画的剑客，没想到这些剑客都是些三脚猫，根本不是忍术学园众人对手，粥井画师见状，要众人放这几名小偷一马。众人同意让他离开，没...
第52集
暑假的返校日，乱太郎到校途中，见一老人急须帮助，没想到是八方斋故意设的陷阱，热心助人的乱太郎中了计，被八方斋关起来，才发现新兵卫和喜三太已经...
第53集
乱太郎等人陪着土井教官去帮欧巴桑买青菜，回家途中遇见一名脸孔很大，行踪诡异的忍者，并且连连遭到暗器攻击，几人最后才发觉，发出暗器的居然是一路...
第54集
暑假过后，新兵卫又变胖了，乱太郎和雾丸勿怀疑他给人施了咒，于是找女忍者教室的女同学共商大计，女忍者也认为魔咒泥偶可以帮人减肥。不得已，乱太郎...
第55集
雾丸在路上碰见一老头，死缠着雾丸，要雾丸带他去见校长。老头向校长吹嘘他会制造火力惊人的新式步枪，要校长请他大吃大喝，然后慢慢再谈，贪心的校长...
第56集
乱太郎等三人发现新兵卫爸爸送新兵卫的鸭子，居然跟协荣丸的坐骑一模一样，于是大老远跑去问协荣丸，这才知道有大明国的商人委托海盗们利用闲暇大量制...
第57集
校长临时起意，要一年甲班忍蛋们进行一项危险之旅，路上并且安排很多埋伏的学长，藉以测验一年甲班暑假期间的学习成果。一年甲班硬着头皮上路，路上果...
第58集
土井教官通知大家第二天要考试，乱太郎等三人因为上课都在打瞌睡，所以慌成一团，不得已只好向欧巴桑请教有没有通宵熬夜的好办法。欧巴桑和山田教官提...
第59集
谌厅欧巴桑被八方斋掳去，大家趁着八方斋自说自话时，把欧巴桑抢了回来。结果八方斋后脑撞到地，晕了过去，醒来以后居然变成好人了。山田教官急着把这...
第60集
山田教官生日到了，大家想给他一个惊喜，校长提议一个吓一跳生日会，并且自告奋勇和喜姆一起准备，要乱太郎等三人去看着山田教官，别让他进厨房。结果...
第61集
乱太郎等人发现有人向烧炭的老婆婆大量购买木炭，然后运到船上去生产步枪，于是伙同山田教官把坏人一举成擒。回到烧炭工寮后，居然发现利吉因为专心烧...
