动画片《妹妹公主》剧情梗概：大结局
男主角海神航，是一个麻木不仁、只为学业奋斗的少年。故事一开始在烦嚣的东京，正是考试放榜的日子，航和他的同窗兼朋友灿绪去看成绩，一心想着胜利是理所当然的他，却发现榜上没有他的编号！原来是因为选错多项选择的答案了？于是学校考不上，而一直照顾航的管家，亦要离他而去！正当事情达到这样糟糕的时候，突然两神秘人出现，说恭喜航受推荐入读一间神秘学校，而该学校竟在一个神秘的岛上－－Promised Island......
航本来万分不愿意，但因毫无选择，只好出发，到了岛上，发现处处透着古怪，除了不断看到貌似管家的老人，扮成不同角色在航的身边出现外，最骇人听闻的是，十二位美丽可爱的女孩，先后出现，还自认是航的妹妹！就是这样，航就在这岛上，和十二个不同性格的“妹妹”住在一起，揭开他人生中最华丽的一页......
同时，另一位叫真深的女孩，冒认是航的第十三位妹妹，混入Welcome House中和航给妹妹们一起居住，藉以监察航的一举一动，她更时常和一神秘人作电邮通信，他们的目的是让小航回到毫无希望的东京。
动画片《妹妹公主》分集剧情介绍：
《妹妹公主》分集介绍：第1集 我的毕业典礼
酷酷的海神航是胜利补习班第一名的资优生，但因为一时糊涂导致高中落榜。当他还在懊恼不已时却突然莫名其妙被送进位在希望之岛的星见丘西学园。来到岛上的第一天，他在不同的地方遇见了四个不同的女孩，最令他惊觃的是她们居然自称是……
《妹妹公主》分集介绍：第2集 我最喜欢哥哥了
海神航莫名其妙被送到希望之岛来，进入了星见丘西学园就读。正当他还感到不知所措时，居然接连又出现八个个性各不相同的女孩，而且全都叫他哥哥，再加上阴错阳差被发现的真深，海神航居然在一夕之间成了十三个女孩的哥哥……
《妹妹公主》分集介绍：第3集 和哥哥在一起
学校终於要开始上课了，海神航本来想说到学校就能一个人清静清静，没想到那十几个妹妹老是跟在他身边，让他觉得没有属於自己的时间，於是他决定要离开希望之岛。然而在可怜道出妹妹们的心情后，小航决定……
《妹妹公主》分集介绍：第4集 熊熊在哪里
正当海神航又起了离开的念头时，花穗突然跑来告诉他雏子失踪的消息。原来雏子是去找她梦中见到的熊娃娃，小航找到雏子之后，陪著她到处寻找她要的熊娃娃。虽然一直找不到，但是雏子的一番话却让他……
《妹妹公主》分集介绍：第5集 老哥和MAIL
