镜头转向关西的京都和大阪，柯南给服部电话，要他调查那个京都宾馆火灾事件，可是和叶在旁边吓了服部一跳，于是在窗边接电话的服部险些从3楼掉下去摔死预告片中虽然黑暗组织的狙击手瞄准了佐藤和高木的头，但是打的却是汽车轮胎，他们还没那么傻直接和警视厅对着干，只是制造事故拖延时间，之后佐藤开始怀疑警视厅内有间谍，因为他们的行动路线被掌握（基安蒂说：“一个郎才”（高木），科恩说：“一个女貌”（佐藤））（13剧场版佐藤和高木总是在一起，连目暮警官分配任务也是，目暮警官是不是故意的呢？）注明：这里的真相请看原片真正的嫌疑人是一个男人，姓水谷，女友叫奈奈，死于一起宾馆火灾事件，至于事件和复仇理由我也留作谜底，本来是7张麻将牌，但是听到有人说真正的嫌疑人水谷说到8个人不能原谅时候明白了。
毛利小五郎虽然开始推理错误，但是后期和笨蛋刑警在群马山野观看北斗七星时得到启发，成功推理了一些脉络。
警视厅一行向东京塔奔袭。
而博士那边接连发现身上贴有交叉封印的甲虫，少年侦探队的小朋友们认为这是求救，于是到了第一次目击甲虫的地点，（这时候回忆预告片，那时候少年侦探队3个真正的小学生似乎被袭击了惊讶的惨叫），但是事实上那是博士不放心他们被灰原劝说来到了树林的突然出现吓到了步美等人，在那里发现一个小屋，但是亮着灯，里面闪过拿手枪的人的身影，于是博士给高木和佐藤电话，高木佐藤时改道去了米花之森，森林入口闪过一辆摩托车，不是别人的，正是苦艾酒的车子，而那个屋子里闪过的拿枪的影子……
警视厅长松本和众人到达东京塔。
柯南则通过调查知道水谷和奈奈的兴趣是看星星，单枪匹马到了东京塔，水谷似乎正准备结束自己，柯南又一次像忘记了黑暗组织一样开始耍酷做推理。
最惊险的时刻，突然发现一个黑影闪过，白鸟，千叶等警官竟然全被打昏！推理结束的时候，奈奈的哥哥抓狂，拿出刀子刺向柯南，柯南准备反击，（）手枪突然响了，警视厅厅长松本出现，还说真及时啊！但是，为什么那些打昏的刑警里没有警视厅长呢？因为现实是可怕的，于此同时米花森的小屋里那个人真的发现了一个被绑架的人，那人不是别人，正是松本厅长本人！而东京塔的松本厅长却是黑衣组织的人伪装的，那个伪装者，就是Irish！柯南早就知道这个松本是伪装的，于是举麻醉枪射击，不料射偏。
小兰为什么会出现在东京塔呢，因为园子在看电视直播东京塔的时候电视里独自奔袭的柯南被电视台镜头捕捉，园子打电话给兰说发现了柯南的位置，正担心柯南的兰知道了之后立刻去了东京塔。
奈奈的哥哥举刀刺向假松本，但是此人功夫了得，反而一个勾拳打得对方吐血。
柯南又开始耍酷推理，说出了Irish的伪装和黑组织的一些事情，不料后来Irish一句话让他当时就闭嘴了。。。Irish揭露了柯南就是工藤新一！但是他没有告诉过琴酒和伏特加，至于为什么，就是因为联系到灰原遭遇黑暗组织的那集里，当时琴酒杀了任务失败的Pisco，而那个Pisco是Irish尊敬如父亲的人啊……所以Irish缄默了，为的是以琴酒的重大过失来扳倒琴酒，之后想让柯南失去意识，不停追打柯南，最后一下踢飞到墙角。