伍教授忘了品瑜已经搬回家住，拿了汤到公寓要给品瑜，却遇到看更，告知伍教授当晚造成爆炸火灾的事件。伍教授得知后大是恐慌，在越过马路时差点被智杰撞到。品瑜和学明到医院，得知伍教授没事后，松了口气。智杰为表示歉意，愿意成为伍教授的主治医生。
诸葛菲和星星又到孔家拜访智聪。智聪出示一个特别的“念力西洋棋”，说明是孝天设计来训练他的脑力。星星怀疑智聪的超能力就是这样得来。
学明为两宗案件的死者脑部做解剖，居然发觉两个死者拥有相同的脑部异状。学明拿了病例请教孝天，但孝天却表示从未见过。伍教授听到孔孝天的名字后，忽然记起当年的一段往事。十五年前孝天的妻子美云发生车祸身亡后，孝天要求伍教授为其妻做脑部解剖，发现美云的脑部异状居然和之前的两个死者一样，证实孝天隐瞒自己曾经见过病例。
诸葛菲、星星和智杰、智聪一起出海游玩。智杰听到星星唤诸葛菲的名字，心中起疑，试探诸葛菲，结果引诸葛菲承认身份。智杰怀有恨意，曾诸葛菲不留意时，似乎要谋害诸葛菲……
《法医X档案2》分集介绍： 第11集
星星告知诸葛菲智聪对她示爱的事，诸葛菲劝星星干脆和智聪说清楚，于是星星骗智聪说诸葛菲是她男友，借以拒绝他的情意。智聪醋意大起，还害得诸葛菲无故掉进泳池里，差一点溺水。智杰对诸葛菲更是怀恨在心，要智聪从此和星星、诸葛菲断绝来往。
诸葛菲就在这时候，竟被人发现在一间废弃的学校内，上吊自杀，虽然他最终保住了性命，但却可能成为植物人。星星愤怒，指是智聪所为，认定智聪有超能力。
孝天也和星星一样以为诸葛菲自杀是智聪所为，愤怒地痛骂智聪，并透露其实他怀有控制他人意志的超能力，并指之前二宗案件，都是他所害的。智聪无法接受，竟使孝天自残，这才相信自己有超能力的事实。
品瑜调查的结果，发现谋害诸葛菲的凶手原来是智杰，智杰也向父亲坦白是因怨恨诸葛菲一次又一次的伤害智聪，才下此毒手的。父亲这时才恍然原来智聪原来真的没害诸葛菲。智聪特到医院探诸葛菲，并用念力把诸葛菲唤醒，但星星以为智聪来加害诸葛菲，把智聪赶走。
智杰被警察押出法庭时，智聪要众人放开智杰，竟然用念力使到品瑜拿出手枪自轰，千钧一发之际被星星和国恩拉开。智聪成了危险人物，被关在疯人院里。孝天为不让智聪危害他人，惟有和智聪同归于尽……
《法医X档案2》分集介绍： 第12集
一起骇人听闻的命案, 发生在一间公寓里。两名死者－－Steven Liu 和女友Alice。学明诊断结果发现他们是触电至死的，诡异的是：女死者的肩膀两侧都留下了类似五根手指的灼伤痕迹. 这两名死者到底是被什么电死的呢? 凶手又是谁? 她是如何无声无息的进入公寓内行凶的呢?
品瑜和国恩在追查案件的过程中, 发现Steven Liu原来是一名律师。而Steven的女佣也透露，他有一个红发的女朋友。无奈女佣记性不好, 无法说出那女友的特征和样子出来。
时品瑜接到电话，发现伍教授为自己申请进入老养院, 立即同学明赶去阻止。学明和品瑜说会照顾伍教授, 并请一个私人护士来照顾他。伍教授被二人孝心打动, 终打消去老养院的念头……