接到作为老师且是团侦探左右手的七海光太郎的指示，Q班一行人来到了位于秋叶原的一家漫画咖啡店里。在一间隐藏在店铺深处的房间里，电脑、大型监视器等设备一应俱全，原来这里就是团侦探事务所的秘密办公室。数马将放在桌子上的Disk的数据恢复后，团守彦便出现在大屏幕上。于是端站好的5人从团守彦那里接到了自入学后的第一次真正的调查任务。
一个星期前，高中三年级学生冈田律子在密室中被人刺杀的事件。由于没有找到任何线索，破案也毫无头绪，警察便拜托团侦探希望他能够协助破案。团侦探接受委托后就派Q班的学生去完成这个任务。
第一次的实战任务、以学校为舞台的一系列连续杀人案件、预告着下次犯罪的“诅咒笔记”、 完全密室杀人事件、以及隐藏在事件真相背后，黑暗的犯罪组织……学院侦探Q班的5人将挑战这桩隐藏了诸多谜题的困难案件！到底事件能否被顺利解决呢？
第2集
还没从上次事件令人震惊的结局中缓过气来，Q班的5人又接到了来自团守彦的新任务。
这次的任务是调查中学生失踪案。收到一封署名“神的邮件”的两个中学生，在看了这封洗脑邮件后就不见了。中学生失踪事件自然引起了舆论的轩然大波，然而就在几天后，失踪了的两个中学生又毫发无损的出现在秋叶原站前的马路上。不但对失踪时的事情一点也不记得，更不可思议的是就连自己失踪前的记忆也没有了，简直就像是换了一个人似的……
Q和小惠于是参加了两人失踪前的辅导班进行秘密调查。这时，辅导班里发生了一起离奇的密室杀人案件。调查被害人心理问题的流，不知道被谁袭击的金太，“神的邮件”的内容到底是什么？之前的失踪事件与这次的杀人事件之间的关系又是什么呢？
第3集
“彻底追查被称为社会垃圾清理者的连续杀人事件的凶手”Q班的5人接到了团守彦的新任务。
所谓社会垃圾清理者就是那些专门袭击没有反抗能力的流浪者的年轻人，或者因手法残忍出名的帮会组织等，将被认为是社会垃圾的人残忍杀死并弃尸于垃圾场的这类连续杀人犯的通称。由于这次的任务过于危险，任务室里弥漫着紧张的气氛……
尽管如此，Q班的5人还是开始各自的搜查。但是只有数马无论如何也没办法集中精力展开调查。既无法继续新游戏的开发，也无法像Q班其他4个人那样投身于新任务的调查。“单纯真好！”和自己不同，单纯的Q能够马上集中精力投身调查工作中的，而自己做事总是有始无终，就在这时数马遇到了瑶子。而这个就在离秘密基地很近的花店打工的瑶子也渐渐占领了数马的心。
另一方面，着手调查后，表面上看起来完全无关的案件一个一个被连接起来，逐渐接近连续杀人案凶手的Q他们。像是要故意嘲笑他们似的，就在这时新的牺牲者又出现了。匆忙赶到凶案现场的Q他们注意到了一件事情，凶手把被害者的手机从凶案现场拿走了。原来据说被害者在被袭击的前一刻与之通话的对象，就是凶手本人，而这也是凶手作案的常用手法。被害人的通话对象是？那个人很危险！
