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同时，从福冈起飞，飞往羽田机场的飞机，遭遇劫持。犯人的要求是释放『魔弾射手』总帅?火野。火野是和神岛紫门一派差不多，甚至比他更具危険性的恐怖组织的头目。
公安调查庁THIRD-i虽然商讨着各种方案，最终得出的结论是，从机内将自动操纵机切断，也就是将飞机系统切断的意思。这需要很高的技术，THIRD-i的工作人员没有这个能力。能够完成这个任务的只有一个人。
藤丸又将陷入新的事件吗？劫机的真正目的又是？
这是看到一半的感想。
最后的部分相当让人震惊。龙门老师评论说：这次也一样要背叛你们！Season 2也化几乎是一定的了。