在两个钟爱他的女子极力支持鼓励下，他更坚定钻研医术的志向，经过屡挫屡战的辛勤努力，他终于得到师父柳义泰的肯认，只是，不幸因为道知的嫉妒，他被误会收贿而被驱逐出医院。他在滂湟和绝望之中遇到了名医金民世，这番奇遇让他得以专心钻研整理自己的医术，去汉阳赴考。
考试前夕，他为了医治紧急患者没赶上准备已久的科举考试，反而以小偷的罪名被监禁。但是这件意外让他声名大燥，师父柳义泰被他的仁心感动，重新收他为名下弟子，此事让中科举的柳道知与父亲柳义泰之间起了冲突，两人脱离父子关系。原本一直不愿接受柳道知的睿珍，不愿让许浚在睿珍和多喜之间为难，于是选择离开许浚与柳道知结婚。
这时，师父柳义泰一病不起，柳义泰为了许浚的解剖试验，决定自杀，将自己的身体捐给许浚作为试验品。为了实现师父的心愿他更加奋发，终于在次年赴考，中了头榜，前往汉阳医院学习更高深的医术……
第三章 苦难再起
在汉阳医院，许浚遇到了杨礼寿，在那里得知杨礼寿是曾在三十年前与师父柳义泰开展针灸大战的针灸大王，因败在柳义泰手下而含恨在心。在杨礼寿的迫害下，他被发配到惠民所（形式同监狱），又开始了他痛苦的生涯。在惠民所里，他在杨礼寿的牵制折磨下过着痛苦的日子，但是在此，他也认识了对他崇敬深爱有加的医女-美霞，以及其它关心他、帮助他的许多朋友们。
暗花明终于，许浚得到机会与杨礼寿展开医术大战。在大王、重臣和内医院所有人员的注视下，许浚以独特精妙的医术在极恶劣的环境下取得最后成功！杨礼寿和他的手下被赶出内医院的要职，许浚成为人人崇敬的神医，入主宫中成为御医之首。
先祖二十二年，全国爆发传染病大流行，许浚积极研究病症和药方，紧接着出现的壬辰倭乱，许浚和母亲、妻儿被拆散，与美霞为了保存医书而努力着。后来，他在平安道定州与染病的睿珍邂逅，为了挽救睿珍，许浚投入了所有的精力钻研……
第四章 潜心治学
终于，战争结束，许浚与妻儿重逢，重整内医院的医疗设备与医书。先祖大王不顾大臣反对，破格将他认命为正一品崇录大夫。
永昌大君出世之后，许浚的人生再次急转弯，拥护永昌大君和拥护光海君的两股 势力之间展开了激烈的政治斗争。虽然许浚一直身为光海君的御医，但他坚持医生只医病，不过问政事的清高的态度引来政治迫害，被免去大夫之职。
先祖大王去世，光海君登基之后，许浚背负逆谋的罪名被判流放到南方。虽然生活颠沛流离，他在那里独自着述集传统韩国医学大成的“东医宝鉴”。
终曲 献身苍生
过了两年的流放生涯，光海君赦免了他，但是不顾大王的挽回，他回到故乡从事单纯的医疗和着述，历时十余年，终于编纂完成“东医宝鉴”。这时，又发生了全国性的瘟疫怪疾，全国上下群医无策，光海君急召他入宫研究，终于成功研制出抗病处方，然而他自己却因疲惫过度，不察自己也已染上此病，未来得及施以药石，便死于妻子怀中，举国哀恸扼腕……
