乾隆后来得知于万亭原来就是红花会的总舵主，而知道其汉人身份的秘密除了假死的于便只剩文泰来，乾隆为了保守住秘密,决除之后快便遣张召重千里追杀文泰来。
文泰来夫妇被大内高手围攻避难于铁胆庄, 幸好十四当家余鱼同和陆菲青、李沅芷师徒所救, 后张召重赶至文泰来被擒，引致红花会众当家千里追踪搭救一路上腥风血雨。
文泰来被拘，余鱼同带骆冰逃生。
余路上向骆冰示爱，受骆冰责备，余羞愧而独自离去。陆菲青之徒李沅芷实为巡抚李可秀之女，对余情有独钟，跟踪余鱼同而去。
文泰来在铁胆庄被擒后，红花会怪罪庄主周仲英。陈家洛在解决误会中，尽显领袖风范及武艺高强，征服群雄。周夫人因周仲英错杀儿子而离家，铁胆庄亦毁于大火，红花会开展救文泰来行动。
红花会人追寻文泰来而至，巧遇霍为抢回圣书而初踏中原,陈家洛为霍抢回圣书，二人之感情又再增进。
红花会追上张召重，欲救文泰来之际，为去西域途中的清兵所破坏，霍青桐为解七族之危离别陈家洛回西域抗清，红花会众人亦因此失散。
混乱中周绮救了受伤的徐天宏，照顾他的伤势，一对欢喜冤家渐生情愫。另一方面，李沅芷对余鱼同的不离不弃也使余鱼同情感紊乱顿受困扰。
陈家洛在杭州部署营救文泰来，在郊外巧遇化名东方耳的乾隆，二人惺惺相惜，感到相逢恨晚。当夜，陈夜探抚衙，发现东方耳即是乾隆。陈邀乾隆西湖夜聚，两人分庭抗礼顿成两虎双斗之局面。后来，陈从被囚的文泰来口中得知,乾隆是汉人的秘密，是他的亲哥哥。
红花会强攻提督府，救出文泰来，但余鱼同被火烧毁了俊俏的面容，痛不欲生，舍众人而去，李沅芷始终相随左右[丢豆网剧情频道 全国电视节目预告]。徐天宏则令周仲英得到周夫人的谅解，渐得周绮欢心。
红花会借花魁大会诱拐乾隆, 把乾隆关在六和塔内。陈家洛基于血缘亲情没下杀手, 对乾隆晓以大义,乾隆受制于人只好假意结盟，并答应恢复汉室，停止攻打西域。同时，乾隆告诉家洛于万亭的真正身份，三人关系更是复杂。
为了掌握兵权，一向主和的乾隆突决定出兵西域，以收揽兵权为己用,太后也无法控制乾隆。乾隆看到西域贡上求和玉瓶上的香香公主像，深深被吸引，命张召重随大军到西域找出香香公主。
陈家洛赴西北探望霍青桐，巧遇美丽纯真的香香公主，香香是青桐之妹，她对陈家洛暗生好感，青桐看在眼里极感难受。香香与家洛到清营议和，因家洛认为乾隆受六和塔的盟约所制，必会退兵,清营里张召重认出香香就是皇帝想要的人, 香香顿成家国成败的关键人物。
霍青桐领西域各族大败清兵，战后陈家洛决定往少林寺查清于万亭真正身份，及拿到乾隆为汉人身份的证明。为了争夺证据，埋伏于红花会的常氏兄弟、石双英、卫春华的真正身份渐为赵半山洞悉。
清军再攻西域，灭七族，并带回香香进京，乾隆怜爱有加，香香不为所动。最后乾隆发觉香香心上人便是陈家洛，一个与他争国家争爱人的弟弟。
