中国公安边防水洲支队参谋长邓峰收到可靠消息，珍珍国际偷渡集团蛇头“珍珍”将到公海与国际偷渡集团的运输船会合，这次的任务就是抓住他们，任务代号“蓝色行动”。
边防总队作战参谋肖克凡（化名阿勇）曾卧底珍珍集团内部，对偷渡走私活动深恶痛绝，初次抓捕珍珍行动失败，蛇头洪雷在路上枪击肖克凡实施报复，肖克凡险些丧命。伤好后的肖克凡随后被派往珍珍的老巢富安，任命为富安边防副大队长，誓要破获“珍珍”偷渡集团。
大蛇头韩丹红的对外身份是金石湾度假村的经理，一场车祸让韩丹红对解救自己的肖克凡产生了微妙的情愫，此时肖克凡的妻子卓雅接受上级命令回国，秘密以国际刑警的身份调查珍珍偷渡集团的首要头目粱凯莉、梁冠成及她的大学同学韩丹红，进而摸清国际偷渡集团在中国的帮凶“珍珍”，协助侦破偷渡集团。在这期间她按组织要求对任何人都隐瞒自己的真实身份，中间不惜被丈夫误会，甚至婚姻出现危机。
化学鬼才顾可民教授和学生吴晓研究出了一种用廉价的化学原料就能人工合成与冰毒同样功效的毒品，顾教授将新型的毒品制作配方纹在了吴晓身上，不知道此秘密的人看到图案只是一条蝎子。为了将新型毒品配方据为己有，利欲熏心的吴晓杀死了自己的老师。作为配方的唯一知晓者，吴晓成为各方人马的抓捕目标。珍珍国际偷渡集团与国际贩毒组织合作，欲把吴晓从中国偷渡出镜，边防支队紧密布置抓捕行动，决定不惜一切代价抓到吴晓。
韩丹红告诉卓雅金石湾度假村有她姑姑的股份，提供了海景公寓让卓雅住。暗中却秘密在公寓内安装了监听器，时刻监听他们的对话。卓雅向韩丹红提出到度假村工作，韩丹红只好答应，肖克凡对此坚决反对。韩丹红不想好友卷到这场纠纷中来，不久开除了卓雅，动机不纯的梁冠成邀请卓雅到他的生豪集团工作并向韩丹红称这是老板的指示。
白浪村失踪的淦阳号在公海被洪雷劫持。肖克凡判断洪雷有可能让人蛇冒充海员偷渡出境 。经排查，在打印店老板马平身上发现疑点，之后马平神秘失踪。警队不久发现了一具伪装成马平的尸体，肖克凡分析死者并不是马平。
一次次调查让金石湾度假村显露出异端，因特殊的背景原因，肖克凡迟迟没能动手。肖克凡在富安边防支队队长郭万全的全力配合下，与匪首“珍珍”斗智斗勇，识破敌人一个又一个烟雾，破获了一次次的偷渡计划，在一次偷渡吴晓的计划中洪雷被正法，人蛇林高义被捕。
法网恢恢，最终吴晓被警方抓获，但狡猾的吴晓没能给警方侦查带来任何有价值的线索。为了避免节外生枝,梁凯莉下令除掉吴晓,国外的毒枭亨特知晓后，出大价钱让梁凯莉停止杀害吴晓的计划。林香农只好以徐涛转交的凶器即是毒书籍为由，威胁徐涛马上制止林高义。
迫于国际贩毒组织的压力，人蛇林香农威胁警员徐涛从监狱救出吴晓，徐涛利用假证件救出吴晓顺势打入珍珍集团内部。被救出狱的吴晓将徐涛当作朋友，不久徐涛获知偷渡方案：“几个人待在一个特殊的集装箱偷渡到国外”。徐涛设法将情报通知邓峰，邓峰命令海关严格排查货物。
经过调查，肖克凡对白浪村花匠黄显之的怀疑增大，最终查到他真实姓名叫陈德生，曾是一名蛇头，是珍珍的可能性极大。同时也确定了韩丹红和林香农都属偷渡集团骨干。
卓雅在梁冠成的办公室查到了疑似韩丹红父母的身份资料，收到资料的搭档罗杰认为这有可能成为一个策反韩丹红的突破口，韩丹红是专业的偷渡集团骨干，幼时被偷渡集团头目收养，走上犯罪之路实非本质，鉴于韩丹红的特殊身份，卓雅决心对她策反。
准备出逃的梁冠成绑架卓雅，把她作为对付肖克凡的人质，卓雅的国际刑警身份被黄显之识破。此时亨特向梁凯莉提出要到中国验证是否是吴晓本人。珍珍收到消息后取消原偷渡计划。边防战士马上寻找犯罪份子的行踪，准备直捣“蛇巢”抓捕。最终梁凯莉、亨利、梁冠成等人纷纷被捕，吴晓被击毙，躲在窗外的黄显之向毫无防备的肖克凡连发数颗子弹，韩丹红为替肖克凡挡抢身亡。黄显之被肖克凡击毙，代号“蓝色行动”任务园满结束。
然而等待他们的是下一个更加惊心动魄的行动！
