被送到诊疗所经五岛诊断后，确诊邦夫患了急性腹膜炎，且必须立即动手术。于是五岛带着美娜和一范等人立刻给邦夫动手术。
原本手术进行得相当顺利，途中邦夫却突然出现痉挛反应，原来麻醉剂给他带来了副作用。手术不得不被迫中断，为了美娜为了让邦夫恢复原状努力展开急救，然而聚集在外的岛民们并不是很信任美娜这个护士。幸亏五岛的努力邦夫终于恢复了常态，手术顺利完成，邦夫因此捡回了一条命。
在普通病房中醒过来的邦夫，告诉父母和五岛，自己梦到了秋叔叔，梦中的秋叔叔教导自己应该感谢父母，因为正如五岛说的健康才是最重要的。等五岛出了病房，邦夫诚恳地向留在这里的双亲道歉，表示是自己买烟来抽不关别人的事，更把自己希望可以做一个渔夫的愿望说了出来。
此时正一的努力也终于有了结果，刚洋获得了一笔可观的奖学金，正一赶紧把这件事通知了刚利，并要他快回岛上来。然而刚利却只是道歉，也不肯回岛上来，在正一身旁听到刚利这些话的重雄为此很激动。
重雄跑到刚利工作的地方去找他，劝他回岛上去，然而刚利仍然不愿意，重雄忍不住指责刚利，表示其实他可以在岛上找到一份好工作。
刚利终于回到了志木那岛，更在所有人面前低头认错，希望大家能给自己一份工作。于是重雄把刚利拉到港口去，那里停泊着刚利已经卖掉的“刚宝丸”号。
重雄告诉大吃一惊的刚利，这是岛上的大家凑钱为他买回来的。这让刚利感激万分，再一次向帮助自己的大家低头道谢。随后就带着儿子一起出航了。
另一边的五岛则给彩佳打电话，打算说服她把自己的病情告诉父亲正一。
《五岛医生诊疗所2006》分集剧情介绍：第七集 生命期限
五岛希望彩佳能把自己的病情如实向父母报告，却遭到了彩佳的拒绝。彩佳并非不想告诉父母，只是觉得时机不对，然而五岛并不明白她的心思，误解了彩佳并气愤地挂断了电话。
第二天，和田一范跑来医院，告诉五岛自己接到了彩佳的电话，彩佳很惊讶五岛为什么突然挂断自己的电话。
这天的诊疗仍然在继续，由佳里最近经常肚子不舒服，跑到诊疗所来接受胃镜检查，情形似乎相当不乐观。得出检查结果之后，五岛要求由佳里和丈夫阿孝一起到诊疗所来听结果，始得知由佳里胃部长了恶性肿瘤。结果相比慌乱得语无伦次的阿孝，由佳里本人倒是万分冷静地决定接受手术。
与此同时，原刚洋带着岛上的土特产到东京去探望彩佳。
几天后由佳里的手术终于开始了，但令五岛吃惊的是，打开腹腔才发现癌细胞已经扩展得很广，根本无从着手了。最终五岛只能就这么关闭腹腔，并对阿孝据实以告，指出由佳里只剩下三个月的寿命了。虽然打算对妻子隐瞒实情，但阿孝奇怪的样子仍然引起了由佳里的注意。
此时岛民们都聚集在茉莉的店里，安藤重雄把由佳里的事情说了出来，所有人都为此大表震惊。这时刚利也来了，他告诉正一刚洋去见了彩佳的事情，但正一却回答彩佳打电话来说没有见到刚洋。
