六十年代中期，二人双双受到冲击，马骏被定为苏修特务，肖九天被定为日本特嫌，俩人关在同一牛棚内，学术争论却一直没停，黑副司令暗中保护，将二人分别送到军区农场和下放到老区前岭农村劳动。
下放几年中，二人经历了不同的磨难，但二人又在艰苦的条件下进行医学实验。一次，一名飞行员双腿摔断了，军区领导要淮海医院必须接活双腿。肖久天被从农村接回，但他想到远在农场劳动的马骏，提出只有马回来才能完成任务。黑副司令派直升机把马骏接回，二人又一次完成了高难度的断腿再植手术，重新回到了手术台前。
由于肖久天和马骏在显微外科学上的成就，双双成为中国工程院院士。肖九天担任淮海医院院长，马骏担任东海医院院长。从此，肖、马各领导一个断臂再植小组展开了激烈的竞争。
黑副司令临终前，肖九天、马骏和乔喜珍前去看望，黑副司令说他一生最值得骄傲的就是带出了两个院士和一个专家。
肖久天的儿子肖建为了挣钱出国留学，为一名儿童做一下次双手再值手术，结果手术失败，良心受到巨大谴责，肖建只得求助马骏，要求脱军装到日本留学，马难同意了，希望他能在一个新的环境里学成归来。但马骏没想到，肖建去了日本后，抛弃了马骏的女儿马英，爱上了木村的女儿美知子。
肖九天的女儿肖玲是个时尚的女孩，没有继承父母的事业，当上了人才整合公司的经理。而马骏的儿子马征又是个计算机软件专家，二人情投意合。两位医学专家打了一辈子，争了一辈子，却又合作了一辈子，既是冤家又是亲家。
肖九天得知了晶晶的手术是肖建做坏的，异常气愤，为了替儿子“还债”，他决定为晶晶做异体再植手术。乔喜珍为了研究排异药物，用自己的身体作试验，使用最新的方法进行论证终于获得了成功。最终在马骏的合作下，完成了异体再植手术，获得世纪性的重大突破。
乔喜珍由于积劳成疾，心脏病复发倒在了试验室。乔喜珍去世了，在她的遗像前，摆放着两个鲜红的“喜结”。这是肖九天和马骏各自珍藏的信物，此时，他们都不约而同地想到，让这份真爱永远陪伴着喜珍。
肖九天与马骏再次回到当年的南岭老区，回到他们当年战斗过的地方。
在太阳升起的时候，他们把乔喜珍的骨灰撒在青山绿山之间……
二位老人又玩起了小时候拍手游戏，唱起少年时代的童谣……
电视剧《追日》分集剧情介绍：
《追日》分集介绍： 第1集
抗日战争时期，八路军老六团在黑团长的率领下奉命南下，配合新四军某部参加南岭战役作战。战斗中黑团长身负重伤，警卫员肖九天跟随黑留在新四军卫生所救治疗伤，由此认识了新四军卫生员马骏和乔喜珍。由于伤情严重，卫生所又缺乏医生和技术设备，黑团长生命垂危。情急之中，他们从日军野战医院抓来了医术高明的木村一郎，让其为黑做手术
《追日》分集介绍： 第2集
黑团长得了急性肺炎，由于缺少盘尼西林，性命垂危。肖九天、马骏和乔喜珍决定拿着木村的处方去日军重兵把守的县城仁和药店拿药，喜珍差点被汉奸侮辱。由于鬼子扫荡，上级让卫生所带领伤员转移，但乔喜珍带领的十几个重伤员掉队了，面对敌人的重重包围，木村想到了一个好方法……