这时候，日本军部已经给山本一郎下了最后通牒：如果不能马上启程回国，就不用回来了。因为日本已经面临美军强大的进攻。硫磺岛已经全部失守。军部密使宫崎大佐的老师，就是驻守硫磺岛的指挥官牛岛满将军。他得知自己的老师已经刨腹自杀。不觉得潸然泪下。当他见到山本一郎以后更觉得应该尽快拿出“满洲姑娘”。为大日本帝国尽力。
山本一郎为了细菌珍珠港不在自己手中流产。更加进了生产规模和进度。
一直在暗中调查细菌武器真相的广济大药房新任老板鬼见愁渐渐浮出水面。
为了阻止山本一郎、宫崎大佐一伙“满洲姑娘”行动的实施，以云嫂为首的嚎立岗众豪杰、以夏天昊为首的国民政府北满情报站人员、以鬼见愁为核心的苏联远东情报站、以施立孝为首的中共地下武装。四股力量渐渐地走到了一起……
随着细菌武器的加紧生产，战争也进入到最后阶段。1945年8月6日，美国在日本的广岛投放了原子弹。三日后，又在长崎投放了另一颗原子弹。
紧接着便是1945年8月9日，苏联军队出兵满洲。
这时候，山本一郎终于将自己的研究成果呈现在宫崎大佐面前。然而，日本天皇宣布无条件投降了。
宫崎大佐接到军部的秘密指示，为了保护天皇不被列入战犯名单。必须尽一切努力消灭关于曾经制造细菌武器的一切证据。宫崎大佐被日本本土派来的秘密杀手刺杀。城防司令龟田选择了自杀。而且为山本一郎留下了遗书……
山本一郎如同一只丧家之犬。既不能回到国内，有无法在中国的土地生存下去。于是，他最终选择了地下生活。并且和自己的老师，藤野博士一起继续着自己新一代，更高一级的细菌武器——“风中樱花”的研究……
面对日本本土派来的刺客和人民民主政府的清查。山本一郎不得不以千面人的方式继续生存在已经被改造成人民医院的雪城防疫给水总部的地下室里。过着地鼠一样的生活。
但是，日本军部不会放弃掩盖真相的努力。他们从本土一次又一次地派来杀手。不但当时的参与者，包括当时的知情者都面临被灭口的威胁。山本一郎几次死里逃生。被注射了病毒的几个“满洲姑娘”，包括他们的亲属，也时时面临被追杀的威胁……
一个战后混乱的局面随着人民民主政权的建立，正在逐渐逐步得到治理。人们的日常生活也在渐渐地恢复正常。原日本防疫给水总部连同前面的医院，都被改造成了人民医院。然而，就在这个时候，从山本一郎的严密控制中逃离的夏琳、秦岚、和十里香，陆续回到了雪城。
就在这一切表面上变化的背后，山本一郎的研究正在一步一步接近成功……
新生政权下的雪城接连发生“怪事”。
在这同时，市人民医院也不断发生“命案”。
民间传播者一个恐怖的消息——有一种名叫“满洲姑娘”的病毒正在流行。于是，人们开始相信一些莫须有的“防治办法”。忽而抢购萝卜;忽而抢购人参;忽而抢购乌拉草在家里点燃;忽而抢购食盐……
李海涛和人民公安形成了一明一暗两条线的积极侦破。结果总是因为信息不对等，多次造成误会。
不明原因的“流行病”卷土重来。恐慌再一次笼罩在光复以后的土地上。刚刚从战乱的苦痛中尚未完全苏醒的人们并未意识到，在他们的背后，一个更大的阴谋，托举着一个人们难以估量的灾难正在悄悄地走来……
林尚水依旧延续着自己的“工作”。然而，他需要面对的局面却比光复之前复杂得多。
情难禁，往事如影昭旧魂。
驱不尽，悲雨才停，又添愁云。
荒草栖栖离乱路，秋雨沥沥湿故人。
谁相诉，心悬孤灯，难启朱唇。
夏琳的一首忆秦娥《情难禁》，将桩桩往事勾起……
随着东京审判的日期渐渐迫近。日本军部派来的杀手更加疯狂。东躲西藏的山本一郎终于被激怒了。他决定用自己手中现有的细菌武器实施对满洲的攻击。从而达到污染苏联远东、朝鲜半岛和太平洋西岸地区以及全世界的目的。
被两头夹击的山本一郎渐渐地走向了反人类的癫狂状态。他要让自己用毕生精力研究出来的细菌武器成为人类末日的终结者。
8?15光复之前曾经被山本一郎作为风之神病毒携带者的秦岚;地之母病毒携带者的十里香;海之神病毒携带者的夏琳重新成为山本一郎重点“追捕”的对象。
林尚水面临着更加艰险的局面。来自敌方的攻击;内部战友的不理解而形成的干扰;因为爱而无意带来的伤害;给林尚水造成层出不穷的困境。这时候林尚水自己也已经成为一个病毒的其中一种——海之子的携带者……
丧心病狂的山本一郎的“风中樱花”正在一步步走向成功。围绕着“满洲姑娘”(病毒携带者)的再一次失踪，她们身边的好友、亲人接连不断地遇害。
同时，由于山本一郎的行动总有蛛丝马迹留在林尚水的视线内。所以，林尚水也在一步一步逼近真相。当他就要靠近魔窟时，没有想到自己却被陷入了一只早已被编织好的阴谋网中。险些壮志未酬身先死。
最终，天道总是护佑正义的力量。林尚水以自己的生命为代价，在山本一郎完成最后合成之前的霎那炸毁了“风中樱花”的“宝瓶”。山本一郎葬身火海。
林尚水也献出了自己宝贵的生命……
