密使第1集剧情
1949年初的南京，保密局的一群人来到医院抓共产党，还头的是保密局行动二处处长罗美慧，她还开枪打了伤员。国民党江防要塞司令官罗安邦听到枪声后起身查看。反抗他们的人都被击毙，罗安邦在吃药时收到一张纸条，罗美慧进去后发现是她父亲，她不明白他为什么在这家医院。
1949年1月10日淮海战役结束，国民党在岌岌可危的态势下用一系列拉网式的手段全面清洗内部的亲共势力，其中以保密局制定的天网计划最为残酷，而罗安邦的女儿罗美慧就是这个残酷计划的始作俑者。
与此同时，毛泽东发出了将革命进行到底的布置，共产党大军日益逼近长江。共产党华野敌工部侦察队长于明辉在反复问队员韩露问题，他在不断地训练着她，渡江战役马上要开展了，对于敌人的天网计划成了他们的头等大事儿。
于明辉和韩露的婚事还没来得及向上级汇报，他们打算先完成此次任务。当罗安邦问起罗美慧那天去医院的情况时，她认为那天杀的人是应该的。罗安邦对于目前的局势表现地很淡然，他出去的时候被罗美慧跟踪了，在江边和他接头的韦小姐也如约而到。罗安邦见面后要和共军更加层的人士在五天后在同一地点洽谈。
罗安邦的电话被她女儿罗美慧监听公积金，共产党收到消息后派出于明辉行动，罗美慧也派人参加了行动，她问罗安邦此时做什么。罗安邦说他是想放长线钓大鱼，于明辉在房顶看到了这一切，前去接头的共产党听到于明辉的枪声后急忙返回。同时国民党也对于明辉展开了追捕。
罗安邦为保护罗美慧被于明辉用枪击中。王司令表扬了于明辉夜会罗安邦的表现，他随时为革命而准备着。于明辉看到了自己哥哥的档案，他哥要从美国返回并服务于国军，毛局长为怕出现特殊情况让罗美慧可在适当时候采取特殊措施。
于明辉的哥哥是知名的华裔军事专家，组织上希望他去做哥哥的工作，但于明辉认为不太可能。于明辉说他哥哥心里只有三民主义，他说自己找不到说服哥哥的理由男包。于明辉事实在化妆的队伍去山上送货时被杨老八拦住，他们上山后换上了国军的衣服，在敌军的内应叫关良。
于明阳在去南京之前见到了绥靖公署朱长官的秘书，他见到人是于明辉，这让他很诧异。于明辉对于明阳说出了自己的身份，他想让他投奔共产党，但于明阳对共产党的看法还是反对。
密使第2集剧情
于明阳和于明辉相互争执着，他不让于明辉离开自己，并要安排职位给他。于明辉趁机将他哥打晕并带走，国军发再他们后急忙追击。于明阳在路上中枪受伤，他们要将他送到江北去。于明阳由于中枪后流血过多而死，老赵让于明辉穿上于明阳的衣服假扮他哥哥，保密局的王松山将扮成于明阳的于明辉带回，于明辉以摔倒为由说自己想不起以前的一些事情了。
短期的变故让于明辉变得复杂起来，他要硬着头皮去假扮自己哥哥，他最大的困难是面对陌生的环境，他只能把内心最大的悲痛掩盖下来，等待他的都是未知的挑战。组织上决定起用火鱼来配合于明辉的行动，他们决定追悼于明辉，韩露对于发生的一切简直不敢相信。
王松山将于明阳的情况告诉了罗美慧，面对她的提问王松山不知道该如何回答。于明辉看到了哥哥的日记，失散多年的哥哥死在自己面前，这让他必须调整好心态，并马上进入角色。火鱼知道于明辉的的代号为红鲤，谭司令和众人对于明辉对江防的表示满意，罗美慧要找他详细了解一下被劫持的事情。
罗美慧在想于明阳为什么会记不起自己，她知道了于明阳的弟弟，并让人暗查于明阳。于明辉意识到了初入敌巢的危机，罗美慧的出现就是个明显的信号。为了安全起见，组织上对于明辉暂时没有任务，他向组织上提出罗美慧的事情。
于明辉从皮鞋店出来后看到了电台侦测车，他返回时在皮鞋店门口遇上了王松山，王松山问到了他弟弟的情况，危机正如他预料的一样，他为赵指导员深深地担忧着。王松山将电台侦测车上的乔三民大骂一顿，由于敌人加强电台侦测，组织上决定停止用电台联络并撤回组织上人员。
乔三民找到邢主任说有事相谈，他让他印一万份传单，邢寒竹的身份暴露在他面前，乔三民杀死了他之后就离开了。韩露进去后发现那封信不见了，她必须尽快通知其他人员撤退。于明辉被医生打过针之后晕倒了，他三天没合眼了，罗美慧对他想不通的地方太多。
密使第3集剧情
敌人对于明辉使用了催眠术，他以前接受到这样的训练，他醒来后发现自己躺在一个不知明的地方，他意识到了这是敌人的测试，回去后他在质疑着谭司令和罗美慧的做法。罗美慧说她不知道事情是怎么发生的，谭司令对罗美慧大加指责。于明辉不知道自己将计就计的策略能起到什么作用，但他对罗美慧的了解知之甚少。
于明辉见到老赵后说被保密局关了三天，老赵将他哥哥和罗美慧的情况告诉了于明辉。韩露担心没有足够的时间去通知要撤退的同志，于明辉见到了她，他相信有一天能再见到韩露。罗美慧让给江北的混江龙发去电报，她要查清楚派到江南人的资料。
张小龙作为于明辉的副官来到他身边，于明辉明白李长维才是真正的江防专家，他把主意集中到了要塞司令这个空缺上。于明辉看到邱曼丽写的信后只能回信，罗明慧知道了来江南执行任务的人是于明辉。王松山将康大光的情况告诉了罗美慧，她准备单独去拜会一下他。见到康大光后他们了解了于明阳和于明辉的情况，他俩是孪生兄弟。
康大光见到于明辉后告诉了保密局找他的事情，于明辉想推荐康大光做江门要塞司令。罗美慧和王长松找于明辉了解劫持的详情，他说劫持他的人是自己弟弟，并将弟弟的死也说了出来。罗美慧听了他讲的故事之后也表示同情，在她离开的时候于明辉说出了自己的感受。
江防要塞司令的人选是康大光和李长维。
