公元2000年8月，葛城考察队到达南极，发现了地下空洞中的巨大人形生命体Adam以及隆基努斯之枪。葛城计划进行人类基因与Adam融合的接触实验，但不幸因此唤醒了沉睡中的Adam，葛成调查队拼死使用隆基努斯之枪再度封印Adam，但结果失败，最终，葛成调查队人为使Adam的S^2机关暴走（因为葛成调查队全灭，所以详细不明），总算避免了完全的败局——也就是A.T力场（A.T.Field）的消失（全部生命重新开始），以及由亚当诞生的生命架构的重新构筑。因为此事，亚当成为了零碎的肉片。
根据对“第二次冲击”的调查，联合国在日本箱根成立人工进化研究所（即GEHIRN，意为大脑）从事EVA的发展研究，后GEHIRN利用在人工进化研究所下方发现的巨大空洞建造了总部。
另一方面，联合国属下的秘密组织Seele（德文意思“灵魂”）为了使人类进化，开始实行人类补完计划，就是将所有人的灵魂汇集在一起，通过中和每个人的AT力场（绝对不可侵犯领域），使每个人回归LCL之海。
2004年，EVA初号机进行启动试验时发生事故，碇真嗣的母亲碇唯消失，碇源度开始执行“碇源度版本的人类补完计划”。2010年，GEHIRN被改建成NERV（意为神经）。
2015年开始，根据Seele人类补完计划剧本的安排，一种不明巨型生物“使徒”开始在日本登陆，并向NERV总部进攻，NERV组织EVA消灭使徒。碇真嗣被父亲召回驾驶初号机，并结识绫波丽等人。故事就此开始……
动画片《新世纪福音战士EVA》分集剧情介绍：
《新世纪福音战士EVA》分集介绍：第1话 使徒袭来
公元2015年，一个巨大的人型生物在日本登陆。出动的联合国军，将那生物称作“使徒”，并予以猛烈地攻击，但全部失败。就连威力最大的N2炸弹，亦只是在短时间内减缓了使徒的步伐。与此同时，一个名为碇真嗣的少年接到阔别十年的父亲的信，被其父源度呼唤至第三新东京市地下的 NERV 本部。面对许久不见的儿子，碇司令所说的只是：“坐上EVA。”真嗣拒绝接受命令，但当他见到一位身负重伤的少女即将乘坐初号机出击时，他改变了自己的决定。
来袭使徒压倒性的强大，第三新东京市的地下空洞以及EVA初号机这些SF方面的描写，使第一话显得多姿多彩。剧中采用了不少有电影效果的构图，相当有特色，但对于消极的14岁少年的性格，却十分难把握。
副标题是和标题意思相同。 圣书中的使徒写作“MESSENGER”，在这个场合的ANGEL直译为守护神，也包含天使的意思。
《新世纪福音战士EVA》分集介绍：第2话 陌生的天花板
在没有受过特殊训练的情况下，真嗣就和EVA 达成同步和使徒作战。发射后与第三使徒对峙的初号机，因为真嗣不熟悉操作，也无实战经验，在头部遭到使徒的攻击后活动停止。真嗣昏迷后初号机奇迹般地再启动，在失控的状态下，用压倒性的战力将使徒击溃。面对冷漠的父子态度，美里提出要真嗣与她同住的要求。美里对真嗣作战的成绩表示赞赏，但真嗣希望这话是出自另一人之口。
这一话以倒叙的方式紧接前一话的内容，EVA 初号机与使徒之间展开了战斗。比较引人注目的是可在瞬间见到的绝对领域（A.T.Field，即心之壁），当时很多科幻迷称之为防御罩。在初号机暴走后，瞬间扭转的战况予人为之一震的感觉，这为以后的剧情打下了良好的铺垫。第一、二话合成一部作为了全篇的序章。
副标题中的BEAST是兽的意思，大家看到暴走的EVA初号机就可明白这个副题的含义。相同的感觉在以后的剧情中亦有出现。 而在新剧场版破中，二号机也开启了“THE BEAST”模式。
《新世纪福音战士EVA》分集介绍：第3话 不响的电话
为了防范使徒再袭，真嗣进行着EVA的操作训练，同时也转学到第三新东京市的学校就读。上课时，老师讲到第二次冲击的历史事件，可是同学们都不专心，在台下偷偷的利用电脑网络聊天。真嗣被套出是EVA 驾驶员，在班上立刻成为受欢迎的人，但同班的铃原东治却对他大打出手，因为他的妹妹在EVA 与使徒的战斗中受牵连而受伤。同日，第四使徒来袭，真嗣将从避难所里偷偷出来观战的东治与剑介救入插入栓，并无视美里的撤退命令，用高振动粒子刀杀死了使徒。
真嗣的生活因为当了EVA的驾驶员而起了巨大的变化，但在某些方面，他亦反而受到遣责。就象许多其他剧本中的为了人类而战的主人公们，他们的存在反而被人们视为威胁一样。第四使徒是被真嗣独立消灭的，但没人会认为他是什么热血沸腾的救世主，反而，出于他消极的观念对所处环境进行的反抗，倒给人留下了深刻的印象，这种思维方式，相信很多人亦有同感吧。
副标题中的transfer解释方式有很多，但在这里译为转校生最为合适。要表达的意义，是所处在一个陌生的集团中的那种不安感。
《新世纪福音战士EVA》分集介绍：第4话 下雨、出走之后
与第四使徒战斗胜利之后，真嗣并未意识到他战斗的意义。他离开家后，在第三新东京市的郊外，与剑介呆了一夜，第二日被NERV的保安谍报部带回。放弃EVA驾驶工作之后，他将被护送回原住处。听毕剑介对真嗣心理的见解，美里急忙赶往车站去送行，列车已缓缓驶离车站，但月台上仍有一位少年的身影。
