第一章 宫本武藏
剧情
进入回忆阶段，武藏（桐生一马）在一家道场教剑道，一天，一位不速之客来访，武藏得知他叫做丸目长惠（细心的人应该已经发现了，此人的原型就是如龙2中，女主角的上司。），是德川家的人，他是来邀请武藏去为德川家效忠的，但条件是必须要通过考验，就是和他打一场。
没想到武藏轻易地就被打败了，但更加没想到的是丸目对这样不堪一击的武藏说出了“合格”二字，武藏百思不得其解。
“因为你没有‘型’。”夜晚，武藏找到丸目，得到的确是这样的回答。
“所有的武士都有自己的流派，但是你没有，所以你有无限的可能。战场上，获胜的因素有两个，一个是武艺，而另一个，是好奇心，对斩人的好奇心。其实与其说是好奇心，不如说是决心，当我击败你时，你的眼神是真的想杀了我。”
武藏自己也感到迷惑，难道自己是一个渴望杀人的人么？他决定在历练中重新认识自己。
几个月后，战争的前夕，武藏刚直的性格令他和别人起了争执，并大打出手。丸目出手制止，随后南光坊天海也来参了一脚，对武藏表示出很大的好奇。
所谓不打不相识，之后武藏与真岛五六八成为了搭档（其实在前作的调查表中，玩家对“让真岛和桐生成为搭档”的呼声还是很高的，这次世嘉采纳了玩家的意见），一起执行暗杀反叛者的任务。从丸目阴郁的表情上就可以看出这次的任务并不是那么简单，但是二人没有注意到这些。
直到武藏杀死了所谓的“反叛者”，二人才发现了事件的严重性，真岛发现反叛者的刀上竟然印有菊花（日本只有皇族才能佩戴菊花饰物）。
“你们竟然杀害了德川大人的次子，结城秀康！！”听到这些话，二人才发现了事情的严重性，杀出血路，落荒而逃……（结城秀康……新鬼武者的主角被干掉了……）
流程
一开始就进入了剑道模式的训练关，第一项是拔刀收刀，（无聊而且很傻，只是站在那里不停地收拔，后面还有人喊“很好很强大”……真是很好很强大……）第二项是连击，第三项破防，第四项是连击后按住三角不放蓄力。
剑术指南说明
方向键按右键 拔剑
方向键按下键 收剑
2)连续按方块键
3)方块键连续攻击中 按三角键
达到一闪的效果
4) 防御
按L1键
5）破防
对方防御过程中 可以按圆圈键破坏敌人防御
6）残心
方块键连续攻击中 按三角键蓄力不放
之后和丸目长惠对战，似乎是必败……
夜里，如果先转一转会遇到桐生的弟子，他会向桐生告别。
顺着地图的标注来到丸目的房子发生剧情。
接下来时间转到几个月后，和真岛五六八战斗，这家伙基本上和系列前做的真岛是一样的，速度非常快且招式诡异，抓住空隙攻击。
剧情发展到刺杀反叛者，一路杀过去即可，能生好几级，中途会有一条岔路通向一个可以拿到一把武器的房间。
来到最里面，本章结束。
