返回地面之后的贝克特与自己的队友汇合，现在除了他就只剩下带队的中尉斯托克丝（Stokes），中士莫拉莱斯（Morales）和基冈（Keegan）一共四个人，四人驾车前往
Snake Fist所说的藏身地点韦德小学（Wade Elementary），韦德小学是ATC下属的小学，Snake Fist和阿里斯蒂德目前藏身于那里.找到他们对整个行动至关重要.在校门口，四人分头行动，莫拉莱斯留守校门口接应，基冈单独行动，斯托克丝和贝克特一起行动（看来还是很有人缘的）.不过学校大门口的一具ATC士兵的尸体也说明，这所学校已不再是那么的平静了.果然一路上遭遇了ATC克隆士兵和ATC精英部队两路人吗！这两路人之间碰面往往激情四射火爆异常的大片，看来也是各为其主.对贝克特来说未尝不是件好事，鹬蚌相争渔翁得利！亘古不变的至理名言啊...在学校里绕来绕去之后来到了学校地下室,这里别有一番天地，原来这里是另一处ATC的研究所，地表上的小学校除了起到掩护作用之外，其实那里也是在为ATC培养一些具有像阿尔玛那样潜能的孩子.而这处ATC基地是为了这个“模范计划（Paragon）”而兴建的.同时也发现了另一个计划，暨前文中提到的“先锋计划”的一些端倪，该计划是用于培养一些类似前作中Paxton Fettel那样具有精神控制能力的克隆士兵的领导者，而贝克特和基冈便是这个计划的首要培养对象.
最终，神秘的Snake Fist现身了，他也是ATC的员工.他告诉众人，若想打败阿尔玛，必须借助ATC的一处核设施下的基地.该基地位于寂静岛（still island，好吧我承认这是在向那个恐怖大作致敬,本来不该这么翻的），该基地的特别之处在于，拥有一个超能力增强装置，借助这个装置，贝克特就能用自身的能力击败阿尔玛.就在贝克特准备与Snake Fist离开地下的时候，克隆军派出的刺客突然出现，杀死了Snake Fist...
在前往寂静岛的途中，贝克特和队友遭到克隆士兵的伏击，由于自制能力弱，基冈被幻觉所困，精神崩溃.贝克特试图帮助他的时候遭到克隆军的攻击...在击败克隆士兵和阿尔玛幽灵的双重夹击之后，贝克特重新与斯托克丝汇合，前往寂静岛地下设施.当两人抵达之后，贝克特进入设施中，斯托克丝负责在外操作，正当准备启动的时候，斯托克丝遭到阿里斯蒂德的枪杀，原来大家都被她骗了，她利用了每个人，她有她自己的野心，为此制定了一份周密的计划，她骗取了小队成员的信任，以贝克特为诱饵试图引诱阿尔玛上钩，将阿尔玛带到这里把她封印在这里的设备之中，用于对抗ATC的董事会，赢回自己在ATC的地位.
阿尔玛如约而至，如阿里斯蒂德所望和贝克特一起被封印起来.贝克特被送入最终的幻象之中.那个发了神经的基冈中士出现了！敢和秃驴争师太，下场就是一个字，死...
在击败基冈后，又出现了一些匪夷所思的幻象，贝克特稀里糊涂的就上了贼船入了伙...终于在启动最后一个开关后，贝克特逃出了幻象之中，但还是身在封印之中，忽然，设施开启封印解除了，是阿尔玛打开的，阿尔玛似乎没有要杀自己的意思.当阿尔玛缓缓走来，贝克特看到她那隆起的腹部，似乎是已有了身孕.阿尔玛温柔的拉起贝克特的手放到自己隆起的肚子上，贝克特似乎听到了腹中一个小女孩在呼唤“妈妈”..........
游民星空《起源计划》专区
