1代
Paxton Fettel带领克隆超级士兵造反，占领了Armacham Technology Corporation（ATC）的总部，主角作为FEAR的新成员，与队友，以及三角洲部队合作，追捕Paxton Fettel。通过追捕过程中得到的各种信息，主角得知Paxton Fettel是Alma的第二个儿子，拥有强大的精神力量，是Origine计划的一部分，而他要前往Origin计划的废弃实验基地解救Alma。最后当主角抓住Paxton Fettel时，Paxton Fettel。告诉主角他是Alma的第一个儿子、。主角最后杀了Paxton Fettel。但是Harlan Wade，Origin计划的领导者，也是Alma的父亲，对Alma受到的种种折磨感到内疚，而释放了Alma。主角不得不毁坏设施内的反应堆，炸毁整个实验基地，以消灭Alma。当主角被三角洲部队的直升飞机救走时，Alma也出现在飞机上。在最后制作人名单播放时，有一段Genevieve Aristide（二代中主角要抓捕的ATC总裁）和一位议员的电话，电话中Genevieve Aristide表示Origin计划还在控制中，原型体（主角）是一个成功。
从这里看似乎主角是故意被安插在fear组织，Paxton Fette的叛乱正好为Paxton Fettel提供了检测主角的能力，只是二代中完全被没有提到他，
2代
故事发生在一代大爆炸前30分钟，一代主角在追捕Paxton Fettel过程找到的各类证据，都证明ATC总裁Genevieve Aristide有罪。二代主角Becket是三角洲部队的成员，他和队友前往Genevieve Aristide的住所，逮捕她。但是Genevieve Aristide的住所，正被ATC董事会雇佣的佣兵攻击。当主角找到Genevieve Aristide时，她对主角说起Harbinger计划，并称主角和他的队友是对付Alma的唯一希望。当她要详细解释时，一代主角引爆了反应堆，产生了巨大的爆炸，而主角则被震晕。
主角苏醒时，发现Genevieve Aristide指挥的几个医生正对他进行手术。当他完全醒来后，他发现他在一个地下医院，而ATC董事会的雇佣兵正在准备炸毁医院，以毁尸灭迹。在逃往地面的过程中，主角遭到Alma的袭击，而一个自称Snake Fist的人，对他提供帮助，并告诉他因为手术，主角的精神力量大大增加，变得更加醒目，造成Alma要吸收主角。 逃到地面后，只剩下四人的队伍，前往Snake Fist藏身的Wade小学。在小学中，主角发现这里是ATC “Paragon“计划的实验场所。同时主角还得知所谓的”Harbinger“计划就是制造类似一代中Paxton Fettel的精神力量指挥官，以控制克隆士兵。而主角和另一幸存队友Keegan是最有希望成功的。在地下实验室，主角找到了实际上是ATC也就人员的Snake Fist。被克隆杀手杀死之前Snake Fist告诉主教，要战胜Alma，就需要Still Island上（一代中囚禁Alma的地方）的精神力量加强器，加强主角的精神力量，战胜Alma。
在赶往Still Island途中，Keegan独自一人离开了，主角追了上去。但是因为克隆士兵的攻击，而一直没追到。最后主角与队友会合后，与女上尉一起前往精神力量加强器。当上尉要开启加强器时，Genevieve Aristide出现，打死了上尉i，阻止加强器的运行。她告诉主角因为Origin计划的败露，她对董事会已经失去了利用价值。为了拥有与董事会谈判的砝码，她要囚禁Alma。以Alma作为谈判筹码。而方法就是将Alma关在这个加强器中，游戏开始时手术就是加强主角的精神力量，而Alma对精神力量极其敏感，这样主角就成为了诱饵，将Alma引到Still Island。 这时Alma突然出现，Genevieve Aristide将Alma和主角一起关在了加强器里。
主角发现自己处在一个幻境之中，当他要开启加强器时，Keegan突然出现攻击主角，同时叫嚷着为什么不是我？？ 最后主角击败了Keegan并启动了加强器。这时主角发现自己退出了幻境并被封在加强器内。突然加强器打开，主角发现Alam站在他面前，身后是一片废墟。而且Alma怀孕了。Alma走向主角，把他的手放在肚子上，主角听到了一个女声叫唤”Mummy“
二代的结局留下可很多悬念。。。。。。。。。。。那孩子是不是Becket？？Alma为什么要吸收Becket？？为了Becket拥有的强大精神力量？？为了和Becket生个孩子？？为了找一个Paxton Fettel的替代者来控制克隆军队？？还有一代的主角到底则么样了？？
ATC的各个计划，下面的东西在最后一关的一个资料盘上。
