6.另一只神鸟
此剧情需要在关东地区触发
在关东的ニビシティ尼比市右侧出口的高地上可以找到一位老人，他会给你银色羽毛。（银魂版是七色羽毛）带着这个羽毛去漩涡列岛（铃塔）就可以让看门的和尚让路，进去到瀑布深处（塔顶）和路基亚（凤凰）战斗。这次可以直接在里面找到神鸟，而不像剧情那样需要去圆珠市舞场触发剧情。
7.红绿版三主角
此剧情需要击败小智后触发
击败小智后回到真新镇找大木博士，他会送给你小火龙、秒娃种子、杰尼龟三只中任选一只作为礼物，身上要留一个空位。
8.宝石三主角
此剧情需要击败小智后触发
击败小智后前往关东地区的山吹市，在西路夫公司右上角的柜台可以见到方缘地区的冠军大吾先生。他和以前一样还是个石头控，会拿出三块美丽的石头让你挑选。如果你身上有空位的话，他会根据你选择的石头颜色不同，会送给你木守宫，火雉鸡，水跃鱼其中一只。对应关系为：“みどりのいし绿色石头”木守宫，“あかいいし红石头”火稚鸡，“あおいいし蓝石头”水跃鱼。
9.三圣鸟
此剧情需要获得全部16枚徽章后触发
三圣鸟均为50级。
1）闪电鸟
闪电鸟会被抢占发电站的工作人员赶出了家门，只好站在发电站门口。
2）冰冻鸟
冰冻鸟还宅在双子岛，从右下入口处进去比较快。
3）火焰鸟
火焰鸟从冠军路搬家到白银山去住了，稍微难找一点。