序章结束后，MSF的基地(Motherbase)功能也可以开始使用，刚开始只有三个选项，不过随着游戏进度的进行，越来越多的功能会接连开启。
首先要为基地作人员配置，每个人都有自己的特长属性，别忘了把对的人放在对的位置。
部队的各班也是随着游戏进度而逐渐新增，每个班别都有各自的功用。
想要用多样的武器对付敌人，那就得仰赖研究开发班的努力了！ MSF招募血尿工程师，月薪22K没加班费！
基地大致安排好后，就来到任务选单准备进行下个任务吧！除了主线任务外，也提供了相当多的额外任务！
任务开始前也可以替换一下装备，针对任务特性或者自己喜欢的打法换上适合的装备也是很重要的喔。
任务一开始眼前就出现了一名小兵，让我悄悄的走到他背后...。
没吃过CQC，别说你当过MGS的小兵！