公立医院自然要保证其公益性，但作为拥有较好医疗资源的上海诸多三级医院，它们却普遍面临着财政紧张的难题，医院的生存和发展都受到了挑战。出现这样问题的根源在哪，如何破解？
2006年底，国家发改委等八部委下发《关于进一步整顿药品和医疗服务市场价格秩序的意见》，规定县及县以上医疗机构的药品加成率不得超过15%，2007年上海市级医院总体收支首次报出亏损。
另一方面，各医院一直在扭曲的价格补偿机制下提供服务。上海目前执行的医疗收费标准还是1997年版的，随着物价水平上涨和医疗新技术应用，医疗服务价格与价值背离的“剪刀差”越来越大。
这些问题在三级医院身上表现得更加尖锐，因为上海医保改革后，病人可随意选择医院就诊。病人就诊往往选择名气大的医院，导致这些医院人满为患、应接不暇。结果是病人不满意，医院也苦不堪言。
早报记者在仁济医院东院看到，排队看门诊的病人众多，而据医院介绍，他们1000多张床位也始终满员。据卫生经济协会测算，现在仁济医生的工作量是440天/年，工作人员都是超负荷工作。
为此，有关专家呼吁上海三级医院的门诊门槛必须要提高，用收费水平定位三级医院看大病重病，社区卫生服务中心看常见病、慢性病的分级医疗制度。而据了解，上海医改的基本思路就是推进医疗资源整合，构建以三级综合性医院为龙头，由若干个三级医院、二级医院和社区卫生服务中心组成的区域性医疗卫生联合体，从而使得公立医院更好地体现公益性。
同时，由于三级医院作为事业单位，没有自主权，也造成了目前诸多的医患矛盾难以解决。
一位三级医院的医生告诉早报记者，他们医生收受病人“红包”的问题难以遏止，关键还是体制、机制问题，因为现在公立医院主任医生和主治医生开刀都是一个价，没有差距，病人自然要“暗地”里选择医生，如果开刀价格拉开，让病人自由选择医生，拿“红包”问题自然就能解决。
而转变这个体制、机制，首先就要像新医改中提及的一样，“落实公立医院独立法人地位。”虽然仁济西院的股改由于将向民营医院转身，不具备推广意义，但三级医院尝试法人管理却未尝不可。
首先，政府作为公立医院管理者的角色应该日益清晰，而其对公立医院运营事务的直接干预要同时弱化。据记者了解，现在最新的医改方案中已经指出，公立医院将管办分开，并且还将适度降低公立医疗机构比重。
据了解，在提交给上海市政府定夺的医改备选方案中，已经有专家提出让公立三级医院开展一部分非公共品的高端医疗服务，比如医学康复、高档护理等，用这些高利润的业务来补贴提供医疗公共品的收入不足。
这个思路和新医改中公立医院改革的大方向是一致的，因为对于三级医院来说，财政补助和服务收费将是两大主要收入渠道，而后者更应该体现三级医院的价值。
