1945年1月9日，美军第6集团军19万人登陆吕宋岛仁牙因湾，掩护舰艇达850艘。由于日军顽强抵抗，美军进展缓慢。麦克阿瑟于1月底将第8集团军投入战斗，并投入第11空降师断敌后路，很快就将掩护仁牙因湾至马尼拉的日军第19、23、103师团、第2坦克师团和第58旅团等部击溃，于2月4日冲入马尼拉。防守马尼拉的是日本海军人员约2万人，经一个月巷战全部被击毙。日军主力退入山地丛林，病死饿死者超过战死者10倍以上。据幸存的日军回忆，当时患上登革热、烂脚病的人，就等于被宣判了死刑。“回归热”更是热带丛棘中最可怕的一种疾病。患者周期性地持续高烧，初次发烧一般七天，又歇七天；然后第二次发烧五六天，又间歇五六天；再第三次发烧……周而复始，将人折磨得死去活来，同时间歇时间越来越短，发烧越来越频繁，故名“回归热”。
不知有多少日军被“回归热”反复折磨，熬干气血，在已无人形时悲惨地死去。饥饿，是更大的敌人。渗入丛林的数十万日军官兵，成为与丛林中的动物竞食的一股可怕力量。他们似一群大蝗虫，所过之处，树皮、草根皆遭殃，飞禽走兽纷纷落荒而逃。日军甚至还自相残杀，吃掉战友的尸体！据士兵荻原长一回忆，他曾来到某个岩洞，受到3个军士的“款待”，给他吃了一种味道独特的熏肉。获原等人狼吞虎咽地吃完那些熏肉后，好奇地询问这是什么肉。那个伍长淡淡地说：“我们在同类相食呢！”曹长补充道：“把不能行走但还有一口气的后来才知道，被这几个人吃掉的，并不是他们所说的与他们素不相识的海军人员，而是与他们同一分队的朝夕相处的战友，而且都是同乡。在一个已经塌顶的小窝棚里，还横陈着5具士兵的尸体。尸体的大腿肉已被剔去，仅剩下白森森的股骨和肱骨。窝棚不远处，有四个士兵围坐在篝火旁烤食着人肉。一名少尉带领一个分队路过这里时，这四个士兵加入了这支队伍。几天后，这四个士兵杀掉了熟睡中的少尉，除骨头外，包括脚掌底下的皮都吃得干干净净（以上见《骷髅的证词：52万大军化作白骨》）。这就是日军在菲律宾失败的惨状。
如前所述，据《日本陆海军事典》统计，日军在菲律宾就战死陆军36.87万人，海军11.79万人，合计48.66万人。加上军属，共计死亡51.8万人（而据大冈升平所著的《莱特战记》称，日军在菲律宾的战斗人员死亡总计达55万人，非战斗人员死亡4万人）。
