人员劝胡宗南回去。说是胡上将回去了，他才敢下飞机。但胡宗南对随从说：“我是以澎湖防守司令长官的身份，来迎接国防部参谋总长的，不必客气和谦让。”
彭孟缉不答应，说什么也不肯下飞机。两人僵持了很久。
胡宗南一直等在飞机下，不愿离开。彭没有办法，只得下去了。机场上，彭流着眼泪，拥抱了胡宗南，十分感激他的豁达超然。
一晃四年时间过去了。
1959年10月，胡宗南从澎湖离职回到台北，重任“总统府战略顾问”。胡回到台北后的第二个月，蒋又要他到“国防研究院”学习。
“国防研究院”是台湾当局培训党政军高级干部的最高学府，蒋介石亲任该院院长。胡在研究院学习了八个月后期满毕业。
胡宗南满以为毕业后，会对他有一些实质性的安排，他在家一直等着消息。一个月过去了，没有任何动静。胡宗南实在等得不耐烦，就去找蒋介石：“总统，我从国防研究院已经毕业，来看看您。”
“哦，你都读了些什么书，学习一定很有心得。不过八个月的时间太短了，学不到什么东西，你还想继续学下去吗？”蒋介石显得有些心不在焉。
一听这话，胡宗南的心凉了半截。“我想……我想……听从总统的安排吧”。
胡宗南欲言又止，来之前还想找找老蒋谈谈，自己年纪不是很大，身体也很好，完全可以做一些事情。现在见蒋如此态度，觉得没有必要再往下说，所以话只说了半头，就打住了。
胡宗南回去没多久，就接到“国防部”通知，让他担任“国防研究院毕业同学会会长”、“国防研究院院务委员”等职。明眼人一看都知道，这些都是挂名的闲职。
自此以后，胡宗南深居简出，落落寡合。
时间到了1961年，胡宗南65岁。他一向身体很好，从不生病，然而这年的7月，他突然感到身体不适，咳嗽不止，浑身乏力。到医院检查后，医生发现胡已有高血压、糖尿病等症状，嘱咐他要注意节食，忌肉忌糖。
胡宗南一生征战，生活节俭。他听从医生的劝告，更不沾肉食与糖类，每天仅以水果蔬菜果腹。几个月后，胡越来越消瘦。
这年的冬天，台湾“战略顾问委员会”在台北介寿馆四楼开会，请胡宗南参加。胡宗南来到介寿馆，拾级而上，爬到二楼就气喘吁吁体疲力乏，再也上不去了。胡临时找了个人，请他到四楼帮忙请个假，自己打道回府了。
胡性格好强，回来后没有声张，更没有去医院检查一下，以为累了，休息一下就会好。谁知这是身体给他的严重警告。
