在锦州危急之际，蒋介石命令范汉杰能守则守，不能守则退守锦西。但卫立煌却指示：“锦州坚守不动，以免影响全军。”等到最后锦州难以维持，范汉杰再向锦西撤退时，已走投无路了。
15日，蒋介石再飞沈阳，严令廖耀湘加速西进，否则军法从事，然而还是无济于事。
18日，蒋介石三飞沈阳，名义上是与卫立煌“商决规复锦州之计”，实则决心临阵换将，彻底撇开卫立煌，任命杜聿明为东北“剿总”副司令兼冀辽热边区司令官，指挥侯镜如兵团和廖耀湘兵团东西对进，收复锦州。卫立煌则命令廖耀湘必须谨慎，部队如有闪失将惟他是问，并暗中命令，供应廖耀湘装甲兵团的燃料弹药不准超过一星期，使其无法快速推进。据卫夫人韩权华回忆，当时卫立煌告诉她：“看他盲人瞎马怎么走。”
此外，卫立煌还做了一些保护城市的工作，他叮嘱沈阳市长董文琦，对市辖各单位的粮食分配要从宽发放，同时通知沈阳城防司令胡家骥、第一三○师师长王理寰，要他们尽一切力量维持治安，使两百万市民免遭侵扰。卫还制止了联勤总司令郭忏破坏沈阳兵工厂和城市设施的计划，并暗中命人将炸药投入河中，以防不测。
10月28日，行动迟缓的廖耀湘兵团被全部歼灭，廖耀湘及所部将领悉数被俘。坐镇北平指挥的蒋介石发出了无可奈何的哀叹：“东北全军，拟陷于尽墨之命运。寸土焦虑，诚不知所止矣！”11月2日，沈阳守军王理寰一三○师起义。至此，东北全境解放。
12月26日，蒋介石发布命令：“东北剿匪总司令卫立煌迟疑不决，坐失戎机，致失重镇，着即撤职查办。”
蒋介石担心立刻审判卫立煌将使军心大乱，就将卫软禁在南京寓所。不久，趁李宗仁上台放松看管之机，卫立煌经上海逃往香港。
尽可能按兵不动
战后国民党方面在谈及辽沈战役失利的原因时，认为“东北之失陷，基于锦州之失守，由于沈阳援兵久而不至。沈援之不能速达，在于卫立煌之不能即时奉行命令”，卫立煌“贻误戎机达十三日之久”，“古今中外，除非作乱造反，否则，断未见有此种不受节制之将领”。（陈孝威：《为什么失去大陆》）美国方面亦认为“卫立煌于9月25日奉命解锦州之围，迟至10月9日始率其一部兵力离沈，途中与敌遭遇，被其各个击破，遂不能达目的地”。
国民党和美国方面将东北战场失败的主要原因归结于卫立煌的贻误战机与抗命不遵，显然是片面的。但从中我们也不难看出辽沈战役时期卫立煌的良苦用心。他在自己力所能及的范围内，尽一切可能按兵不动，并利用他的地位造成影响，既使东北的高级将领们无所适从，也使蒋介石的战略计划化为泡影，从而在中国革命战争最为关键的时刻配合了人民解放军的战略进攻；他不仅保护了东北重镇沈阳，还有效破坏了蒋介石要把东北几十万主力撤回关内，以便在华北、中原战场再与解放军一决雌雄的计划。