这时候，“赤城”、“加贺”、“苍龙”、“飞龙”4艘航空母舰的甲板上，正在为原来准备防御不知道什么时间可能随时出现的美国机动舰队而装好鱼雷、对舰穿甲弹待机的俯冲轰炸机、鱼雷轰炸机，卸下鱼雷和炸弹，改装普通炸弹准备对中途岛实施第二次攻击。究竟发现的美国舰队有没有航空母舰？需不需要重新换装鱼雷和穿甲弹？日本指挥官一时拿不定注意，于是命令甘利继续侦查，查实情况，力求准确。
52分钟后，甘利又发来电报：“敌舰队后面，似乎还有一艘航空母舰”。于是舰队又决定卸下普通炸弹换上鱼雷和穿甲弹。一架架刚换上普通炸弹整齐排列在甲板上准备起飞的轰炸机，不得不再次回到甲板下的机库中改装鱼雷。时间紧迫，装弹手已来不及按要求将卸下的普通炸弹送回安全的弹药库，便顺手堆在机库的角落里。忙中出错，乱中生灾。就是这些炸弹后来被敌弹引爆，将航空母舰送入大海。
在很短时间内飞机以经换好鱼雷，航空母舰调整位置，对着逆风，准备让飞机起飞。甲板上的攻击机的螺旋桨一齐开始转动。再过五分钟，将全部起飞去攻击美国舰队。可是命运之神已经不在给日本舰队这样的机会了，就在这时，上空突然出现美军俯冲轰炸机并勇敢地向航空母舰冲击。瞬间，炸弹先后命中“赤城”、“加贺”、“苍龙”号航空母舰。随着震耳欲聋地爆炸声，没有来得及送回弹药库的炸弹，被全部引爆，三艘航空母舰相继葬身大海。