朝廷称南朝，双方均自称正统，称对方是“伪朝”，开始了南北朝之间长达数十年的对立。
1392年，室町幕府第3代将军足利义满致函南朝后龟山天皇，要求南北朝统一，条件是将象征皇权的三神器(镜、玉、剑)和皇位让给北朝，今后皇位由皇室两派交替继承。同年，后龟山天皇答应了足利义满的条件，返回京都将神器交给了北朝的后小松天皇，至此，半个多世纪的南北朝对峙基本结束。
南北朝统一后，足利义满却没有兑现自己的诺言，后龟山天皇大呼上当。1410年，后龟山天皇逃出京都重建南朝，史称后南朝。为重夺皇位，南朝天皇的子孙不断进行斗争，持续了一个世纪左右，无奈大势已去，于事无补。此后，日本天皇均出自北朝天皇后裔。
麦克阿瑟改主意，裕仁保住皇位
虽然天皇正统之争夹杂着诸多历史恩怨，但战后一下子跳出熊泽等十几位“天皇”，这背后也有美国人的“一臂之力”。
1946年元旦，裕仁天皇在美军的强大压力下发布《人格宣言》，第一次向全国申明自己是人而不是神，给一向视天皇为“现人神”的日本国民以巨大冲击。两周后，美国《星条报》便紧接着抬出“熊泽天皇”，此举无疑是趁热打铁，推动“化神为人”的运动，也是利用南朝后裔向裕仁施压，迫使其俯首帖耳，顺从地贯彻执行美国的占领政策。
麦克阿瑟在刚踏上日本土地时，曾想严惩日本、审判天皇，以报在菲律宾战败的“一箭之仇”，履行他“不追究天皇的战争责任，死不瞑目！”的誓言。可是，当麦克阿瑟来到日本后，看到各地负隅顽抗的日军在天皇的命令下迅速解除了武装，他意识到“天皇是胜过20个机械化师团的力量”，萌生了利用天皇进行间接统治的想法。
于是，麦克阿瑟决定不再更换天皇，而要极力维护裕仁和日本的天皇制度。1945年9月27日，裕仁亲自登门拜访麦克阿瑟，会见结束后，麦克阿瑟立即致电杜鲁门总统，建议美国政府“不能把裕仁作为战犯逮捕”。在麦克阿瑟的积极活动下，美国政府的态度发生了巨大的转变。
1945年12月初，盟军最高司令部国际检察局局长、远东国际军事法庭首席检察官基南动身前往日本，在飞机即将起飞时，一封杜鲁门总统的信交到他手里，指示他不得对裕仁和皇室任何成员起诉。然而，在二战中深受日本之害的盟国们并不领情，澳大利亚等国提出了包括天皇在内的日本主要战犯名单，让美国政府大为恼火。美国政府一面游说盟国不要起诉天皇，一面向麦克阿瑟发出秘密指示:“日本国民显然是支持天皇制的。对天皇制的直接攻击会削弱民主势力而加强共产主义和军国主义这两种极端势力。故此命令总司令官暗中协助扩大天皇的声望，并促使其化神为人。”
