1984年1月4日，国家文物局派来了几名专家，与清东陵文物保管所组成了一个清理慈禧内棺10人小组。
第二天，清理小组依次揭取了被上的两件衣服，发现了包着慈禧指甲和牙齿的小黄包。当将黄缎卷走后，慈禧的遗骸呈现在眼前，她的脸部及上身用黄绸包裹着，下身穿着裤子，裤子上绣满了“寿”字，一只脚上穿着袜子。
遗体仰身直卧着，头微微左偏，右手放在腹部，左臂自然地垂于身体左侧，两眼深陷成洞，腰间扎着一条丝带。遗体仍是完整一体的，全长153厘米。
清理小组用她身底下的如意板将遗体从棺中抬出，放在地宫的地面上。在棺内喷洒了防腐消毒药液后，又将慈禧的遗体抬入棺内。
这是她死后第三次被抬入这口棺中。然后将被、小黄包及两件衣服完全按原样、原位置放回。一切都恢复了原状后，又往棺内喷洒了一遍药液，盖上棺盖，封好棺盖口，木工们将残破的外椁修好后，套在了棺外。
如今，慈禧的遗体仍完整地躺在棺木内，保留着1928年第二次入殓时的原样。