10月19日，由陈云担任第一书记的中纪委在北京召开了十三大前的最后一次全体会议。这次会议后，陈云将不再担任中纪委第一书记。为让大家理解自己的想法，陈云在会上作了说明，他还公布了1986年10月与邓小平、李先念那次秘密谈话的核心内容：“去年10月，小平同志、先念同志和我共同商定，十三大时一起退下来。这是党的事业的需要。”
1987年10月25日，中国共产党第十三次全国代表大会在北京人民大会堂开幕。陈云以大会主席团常务委员会成员身份走上主席台……
大会的主题报告是《沿着有中国特色的社会主义道路前进》。为了这个报告的起草、修改和定稿，陈云和邓小平、李先念等老一辈革命家花费了大量心血。后来，当代表中共中央作这个报告的中央负责人犯了政治错误时，有人对这个报告也提出一些不同意见。对此，陈云和邓小平、李先念都主张：这个报告，不是哪一个人的，它代表了中央的集体智慧。
十三大结束后，陈云和邓小平、李先念一起，退出了中央工作的第一线。由于还不能“全退”，陈云参加了中央顾问委员会的工作。
11月2日，已退出中央委员会的陈云，列席了中共十三届一中全会。会议选举产生了新的中央领导集体。全会决定邓小平任中央军事委员会主席；批准陈云为中央顾问委员会主任。中共中央最高领导层，顺利实现了新老交替。
