战，朝中不少大臣认为海峡“风涛莫测，必难致胜”，不主张武力平台。1664年前后施琅两次跨海征台未果，被康熙免去福建水师提督的职务，改授内大臣。在京期间，他一面继续上书征台，争取康熙帝的支持；一面广交朝中大臣，争取他们对收复台湾事业的理解和支持。在内大臣任上，施琅一等就是13年。
1681年，长期主政台湾的郑经去世。郑经死后诸子争位，郑氏家族内部矛盾激化。清政府也在这一年最后平定了“三藩之乱”，能够腾出手来考虑平台的问题。这是施琅复出的契机。康熙深知平台不是一件易事，早在康熙十七年他就要姚启圣等遴选福建水师提督，条件“非才略优长，谙练军事不可。”据此，姚启圣就力荐施琅。但此次重新起用施琅，却与施琅的同乡大学士李光地很有关系。
据《清史稿》所记，康熙曾先后两次就福建水师提督人选征求过李光地的意见。第一次李答以施琅“海上路熟，海上事他亦知得详细，海贼甚畏之”。第二次康熙就“命将”问题又一次征求他的意见，他认为“计量起来还是施琅”。理由是施琅是“海上世仇，其心可保。又熟悉海上情形，其人还有谋略，为海上所畏”。在李光地的力荐下，几乎没有经过太多周折，康熙便谕命施琅为福建水师提督，加太子少保。他赞扬施琅熟悉彼处地形、海寇情形，要“克期统领舟师进取澎湖、台湾”。并认为如果不派遣施琅去，“台湾所不能定”。
施琅离京赴任前，康熙又语重心长地说：“尔至地方当与文武各官同心协力，以靖海疆。海氛一日，则民生一日不宁。尔当相机进取，以副朕委任至意。”
在姚启圣和施琅的同乡大学士李光地的极力举荐下，康熙帝再次召见了已年届花甲的施琅。施琅再次向康熙帝详细阐述了如何训练水师、如何利用风向变化等具体方略。康熙听后十分满意，令其即赴前线，操练水师，待机进取台湾。
定战澎湖，收复台湾
康熙二十二年六月十四日(1683年7月8日)，施琅率领水兵2万余人，大型战船300余艘，中小战船230余艘，从福建铜山(今东山)海域扬帆起程，一路乘风破浪，锋芒直指台湾的战略前哨澎湖列岛。
施琅把平台的首选目标定在澎湖是有其原因的。台湾本岛地域狭窄，缺乏战略纵深，澎湖就成为其外围防御的惟一屏障。台军主帅刘国轩也认识到了这一点，将台军主力悉数摆在澎湖，并建立了坚固的防御工事，还在妈宫、风木匝尾、西屿头、牛心湾等要冲地点加筑炮城14座，沿海筑造高墙深沟20余里，安设铳炮，准备与清军决战。面对台军的严防死守，施琅采取了灵活的作战方针，将清军分为三路，以左右两翼牵制敌人，主力居中直捣敌阵船队。