但诺德豪森研究所取得的成就却让苏联领导人产生另一种忧虑。1946年初，驻德苏联内务人民委员会领导人伊万·谢罗夫上书斯大林，指责德国人参与苏联尖端导弹项目是一种“潜在威胁”，德国专家轻则从导弹研发上获得经验，也许还会帮助恢复德国军事工业。再严重一些，那些德国专家中说不定有美英间谍隐藏其中，能够很容易地了解到苏联导弹的研制进度。斯大林和其他苏联领导人经过商议，决定迅速移送3500名德国工程师、技工和他们的家属到苏联境内。为了避免出现德国专家大量出逃的情况，转移计划在整个苏占区同时展开。
1946年10月22日，约一个团的苏联士兵出现在诺德豪森研究所的德国专家住宅门口，以命令式的口吻通知他们准备前往苏联
莫斯科近郊的波得利普基车站成为德国专家的第一站，苏联在这里成立了第88研究所，格罗特鲁普继续担任德方专家组组长，后来该研究所又转移到卡普斯京娅尔靶场。但苏联内地专家对德国专家的信任度更低，他们毫无表情地接收从德国运来的物资和资料，德国专家只能从事几项简单的工作:协助编写有关v－2导弹的文件，进行关于弹道导弹、地对空导弹和大推力火箭发动机的前景研究等。
1947年10月18日，苏联以v－2导弹为蓝本设计制造的第一枚国产弹道导弹r－1实现了首次试射，10月20日又进行了第二次试射，虽然导弹都飞了起来，但试验结果显示导弹飞行了231公里，却偏离目标达180公里，要知道导弹没有准确度就无异于“飞在天上的瞎子”。苏联专家忙碌了半天，还是没有查明原因。乌斯季诺夫只得邀请德国专家来协助解决。德国专家很快查出有害干扰的原因，做了必要修改后，导弹的命中误差果然缩小，乌斯季诺夫非常高兴，下令奖励每位德国专家及其助手1.5万卢布和一桶伏特加酒，当时一名苏联高级工程师的月薪也只有1000卢布。经过一段时间的磨合，苏联人从德国专家那里学到了丰富的试验经验，在导弹国产化接近尾声的时候，德国专家又被有意无意地隔离开了。
冷战开始后被遣返回国
1947年底，苏联政府把第88研究所的德国人送到莫斯科以北200公里的格罗多姆利娅岛上，以方便集中管理。这座小岛被谢利格尔湖环绕，环境闭塞而优美，苏联政府在岛上专门修建了贵宾楼，供德国专家居住，岛上四周围有铁丝网并有苏军警卫。尽管当时苏联仍处于食品短缺状态，但德国人的日子还算过得不错，假期里他们还可以轮流去莫斯科大剧院看芭蕾舞。
1948年6月，第88研究所接受上级下达的g－1远程弹道导弹研制项目，方案领导和总设计师都由格罗特鲁普担任。同年9月，格罗特鲁普小组便将g－1设计方案提交研究所科技委员会审核，该方案的设想新颖而具有创造性，导弹性能将超越美国正在进行的阿特拉斯远程导弹。如果苏联全力以赴的话，或许能够先于美国得到射程覆盖大半个地球的弹道导弹。
