5月14日，新疆分局专门开会讨论给西北局的回电。王震坦言：“牧主们不愿意改革，怕同苏联一样走社会主义道路，就大量屠宰牲畜，对牧区生产造成破坏，广大贫苦农民也是要求改革的，有的已经自发地行动起来。如果我们还不解决这个问题，不仅发展牲畜业的政策受到影响，还会脱离牧区人民群众，这就是我们新疆的现状。”邓力群接着发言表示支持王震的主张：“我在农村搞了半年的调查，西北局根本不了解新疆的实际情况。如果按照他们的意见去做，对新疆的群众运动就不是挺进，而是往后拉，这是不能领导群众前进的。”新疆分局多数委员都赞同王震的主张。在新疆分局大部分成员的支持下，王震决定在牧区推行改革。
5月17日，中共中央电告新疆分局：“在新疆实行社会改革，应充分地估计到民族和宗教的特点，有意识地在民族和宗教问题上作一些让步，以换取整个社会改革的胜利，是完全必要的。”王震认为自己和新疆分局的看法是正确的，他决定一面上报请示，一面下达执行。5月26日，新疆分局发出《关于北疆牧区镇压反革命的指示》，确定在全疆减租反霸已经结束、土地改革尚未开始前，在北疆游牧区开展一次镇压反革命分子运动。这个指示说：“农业区域减租反霸运动以来，对牧区的影响很大。一方面广大牧民迫切要求从反动头目的残酷压迫剥削下解放出来，建立民主制度，并曾发生了若干自发斗争；另一方面由于农业区某些地主(一部分是在牧区兼有牧畜业的地主)、恶霸、反革命分子逃到牧区，与牧区反革命分子相互勾结，煽动叛乱，遂使牧区成为反革命分子的防空洞。”因此，“大张旗鼓地发动牧民群众开展一次镇压反革命运动是十分必要的”。《指示》同时指出，在进行这一工作中，必须在发动牧民的基础上，组织牧民协会与改造牧区的区乡政权。
虽然新疆分局同时报告了中共中央和西北局，但是犯了无组织无纪律的错误，这是需要指出和批评的。
违反慎重稳进的方针受到批评
新疆分局5月26日的指示是与中共中央、西北局的上述指示相抵触的。6月18日，中共中央电告新疆分局并西北局：“习仲勋、王震两同志已到北京。中央认为5月26日新疆分局关于北疆牧区镇反与若干改革的指示是错误的，应立即通令停止执行。对于已经逮捕的一千余人，应暂不处理，听候中央决定。请张邦英、高锦纯、饶正锡、包尔汉、赛福鼎、王恩茂六同志即乘飞机来京参加中央会议。新疆分局日常工作暂由邓力群代理，南疆工作由高峰暂代。”
6月18日，新疆分局为及时贯彻中共中央指示，向各级党委发出了紧急指示，要求立即停止北疆牧区镇反工作，凡尚未逮捕人的地区，除现行反革命分子外，应停止逮捕；对已捕之人，一律暂不处理；对已捕入中，拟没收其畜牧财产者，一律不动，并停止在群众中进行没收其畜牧财产的宣传，继续牧区镇反工作的党委，在接到这一指示后，立即召开干部会议迅速传达，坚决执行。北疆牧区镇反工作遂即停止进行。
6月28日，中共中央为了解决新疆分局在牧区工作中的错误问题，由中共中央主持在北京召开了中共中央新疆分局常委会议。中共中央西北局第二书记习仲勋、中央民族事务委员会副主任刘格平等参加了这次会议。习仲勋在会上说，以王震同志为首的新疆分局犯的错误，特别是王震同志犯的错误，违反慎重稳进的方针，用向西北局斗争的方法，强迫西北局就范。粗暴、强词夺理，企图把中央和西北局分开，说中央正确，西北局右倾，发展到无法无天，无中央之天、党纪之法。又说，王震在牧区工作上所犯的严重错误，是其一系列错误发展的总暴露。新疆有严重的民族问题而没有民族工作，有严重的宗教问题而没有宗教工作。其他人的发言，也都严厉批评了新疆分局和王震的错误。
会议由刘少奇主持并作总结。他批评了王震为首的新疆分局在牧区改革工作上所犯的错误，说“把农业区的经验机械地搬到牧区是错误的”；还对新疆的土地改革、宗教工作指出应当注意的一些问题，强调在新疆实行民主改革，应当采取慎重稳进的方针。
这次会议上宣布，中央决定改组中共中央新疆分局委员会，免去王震中共中央新疆分局第一书记、新疆军区政治委员和新疆省财委主任职务，仍为分局常委、军区副司令员代理司令员和省财委副主任。王恩茂任中共中央新疆分局第一书记兼新疆军区政治委员、新疆财委主任；徐立清任第二书记，张邦英任第三书记，赛福鼎·艾则孜任第四书记。常委由4位书记和包尔汉、王震、高锦纯、饶正锡等组成。毛泽东在会上说，新疆工作的成绩是百分之九十，错误是百分之十，错误性质是严重的，要纠正。对王震的批评只传达到县团一级。批评王震的错误不要伤害各级干部的积极性。
